2020年6月15日，深圳市人民政府第331号令发布了《深圳市人民政府关于修改部分规章的决定》，对《深圳经济特区污染物排放许可证管理办法》（以下简称《管理办法》）进行了修改，主要修改内容说明如下：
一是调整机构名称。根据机构改革文件的规定，将《管理办法》第三条、第十二条、第十五条、第十六条、第二十条、第二十一条、第二十五条、第三十二条、第三十三条、第三十五条中的“市环境保护行政主管部门”修改为“市生态环境主管部门”，“区环境保护主管部门”修改为“市生态环境主管部门派出机构”，“环境保护部门”修改为“生态环境主管部门”。
二是删除不适宜内容。《管理办法》自1999年制定实施以来，随着国家和省有关环境保护管理法律、法规、规章的修改，《管理办法》中的相关内容如临时污染物排放许可证核发、污染物排放许可证核发前置申报登记、限期治理、特定行业废水排放浓度控制指标适当放宽、污染物排放许可证年检等规定及相关法律责任在实际工作中已不再执行，建议删除《管理办法》第六条、第十一条、第十四条、第二十二条、第二十六条、第二十八条、第三十一条、第三十四条、第三十七条、第三十八条。
三是调整主要制度，与上位法保持一致。2018年，国家环境保护部制定实施了《排污许可管理办法（试行）》（环境保护部第48号令），对排污许可证的申请、核发、执行及相关的监管和处罚等行为作出了明确的规定。《管理办法》由于制定时间较早，原设定的污染物排放许可证的适用范围、内容、申请与核发的程序及条件、监管措施、处罚标准等内容既难以适应我市目前环境保护管理形势发展的要求，也与环境保护部第48号令的规定不相衔接，亟需修改完善。为此，结合我市实际和环境保护部第48号令等相关规定，调整了《管理办法》中市生态环境主管部门及其派出机构的职责分工、污染物排放许可证适用范围、内容、申请与核发程序及条件、处罚标准等内容，相应修改了第五条、第七条、第八条、第十条、第十三条、第十七条、第十八条、第十九条、第二十三条、第二十四条、第二十七条、第二十九条、第三十条规定。
四是调整部分文字表述。根据立法技术规范要求，以及避免条文理解上存在歧义，对第十二条、第十五条的文字表述进行调整。
