在《关于降低水产行业税费负担 实现税收公平的建议》中，刘汉元谈到，中国已成为全球最大的水产品消费国，及全球最大的水产品生产和出口国，水产品产量占全球总产量的比重超过40%。与此同时，随着我国居民生活水平的不断提升，消费结构也在不断优化和改善，作为优质蛋白质来源的水产品，在我国居民膳食结构中的比重将进一步增加，年均消费量正以3%的增速增长。但我国水产业依然面临着发展速度缓慢、政策制约等困境，其中最大的政策制约因素是与畜禽行业实行差异化的税收政策，极大限制了行业的持续健康发展。
目前，在养殖环节，国家对畜禽养殖企业免征企业所得税，水产养殖企业则仍要缴纳12.5%的企业所得税，该政策一方面导致两类企业利润差异巨大；另一方面导致大量水产养殖者不愿进行公司化运作，更倾向于选择以个体户或合作社形式进行经营，避免多缴纳12.5%的企业所得税，制约了产业的规模化发展。另外，在流通环节，水产与畜禽产业同样被实行了差异化的增值税政策。根据国家增值税相关规定，在流通环节，鲜活或初加工的水产品增值税税率为10%，而鲜活的猪、牛、羊、鸡、鸭等畜禽产品可以免缴增值税，进一步拉大了两个产业的利润差距。
同时，水产行业在流通环节还面临缴纳印花税的问题。因此，刘汉元建议免征水产养殖企业的企业所得税。
此外，农产品收购发票不能跨省使用，严重阻碍了大宗水产品的流通。目前，向合作社、企业收购农产品，可以取得对方自行开具的普通发票，而向个人养殖户收购时，对方所在的税务局往往对代开普通发票有各种限制，且全国各地的要求也不一致。例如，有的地方规定水产养殖户需提供租塘合同，对于多次转手的合同，税务局不予代开普通发票；有的地方规定，如果个人养殖户名下有法人实体，也不得代开普通发票，而农产品收购发票又不允许跨省进行开具，甚至部分省、市、自治区不允许跨市（县）使用。目前，国家政策允许企业到收购地税务机关凭《跨区域涉税事项报告表》领购农产品收购发票，但各地税务机关往往从监管角度考虑，不允许外省跨区域经营的企业领购农产品收购发票。而我国水产品养殖主要集中在华南、华东和华中等水资源丰富地区，与畜禽养殖可就地消费、易于加工的特点不同，水产品存在大量的全国范围内流通，按照目前税法规定，只能在本省使用农产品收购发票，导致公司化运作存在取票难和取票成本高的问题。
针对此问题，刘汉元建议免征水产品流通环节的增值税和印花税，允许农产品收购跨省使用农产品收购发票。
