公报提到，“全会审议通过了《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》和《深化党和国家机构改革方案》，同意把《深化党和国家机构改革方案》的部分内容按照法定程序提交十三届全国人大一次会议审议。”
公报中表示，“深化党和国家机构改革的目标是，构建系统完备、科学规范、运行高效的党和国家机构职能体系，形成总揽全局、协调各方的党的领导体系，职责明确、依法行政的政府治理体系……”
根据该公报的内容，国家机构改革的方向已经确定，只待具体方案揭晓。此前业界流传一种关于“大部制”的机构改革方案，猜测国家工商总局、质监总局与食药监总局将合并，重新组建并定名为国家市场监督管理总局，而药品监管职能划入国家卫生计生委。
一位业内人士告诉食谈君，组建国家市场监督管理总局可以说基本“板上钉钉”了，而目前归国家食药监管总局的药品、医药器械监管有非常大的可能会划入国家卫计委，食品监管则会归入国家市场监管总局。也就是说，目前的国家食药监管总局将很可能被拆分，机构调整后这块牌子就没了。
食药监管体制改革一直是业内瞩目的话题。从1998年国家药监局成立后，食药监管体制已经几经变迁。最近的一次是2013年启动的机构改革，此次改革也在全国催生了多种食药监管模式。
比如，全国相当多地区在市（区）、县两级推行市场监管“综合执行”，将把工商、质监、食药监“三合一”或“多合一”，组建成市场监督管理局，但省一级仍然单设；也有像如天津，在直辖市一级设立了市场和质量监督管理委员会；还有一些地方仍然在省、市、县三级单独设置食品药品监管机构。
正因为各地有多种食药监管模式并存，也带来了不同监管模式的利弊之争。比如有观点认为，“综合执法”模式虽然整合了执法资源，但是弱化了食药监管的专业性。
不过，本次公报中指出，要“建设现代化经济体系，调整优化政府机构职能，合理配置宏观管理部门职能，深入推进简政放权，完善市场监管和执法体制……”，从这一表述来看，继续推进市场综合执法，也就是设立大的市场监管部门显然是机构改革的方向。
