根据食药监总局官网介绍，2016年第二季度，全国共完成并公布191672批次食品(含保健食品和食品添加剂)样品监督抽检结果，检验项目合格的样品186982批次，不合格样品4690批次，样品总体合格率为97.6%。其中，粮、油、肉、蛋、乳等大宗日常消费品的样品合格率均高于平均水平(97.6%)。
不过，在抽检过程中，食药监总局也发现了一些问题。主要有：一是食品中超范围、超限量使用食品添加剂问题占不合格总数的33.6%，比一季度低0.2个百分点；二是食品中微生物污染问题占不合格总数的25.5%，比一季度高2.6个百分点；三是食品品质指标不合格问题占不合格总数的13.9%，比一季度低7.2个百分点；四是食品中农兽药残留指标不合格问题占不合格总数的11.3%，比一季度高4.0个百分点；五是食品中金属等元素污染问题占不合格总数的4.6%，比一季度低0.4个百分点；六是食品中检出非食用物质问题占不合格总数的2.8%，比一季度高0.6个百分点；七是食品真菌毒素污染问题占不合格总数的1.4%，比一季度低0.1个百分点。
