通常，没有两个人的健康问题会以同样的方式出现。不同的患者对疾病的感受可能总是不同，即使疾病是由完全相同的问题所引起的。人们对疼痛和其它不适症状的耐受程度非常不同。由于我们的健康水平、营养状况、支持系统和情绪状态不同，我们也会受到不同的影响。肠道功能紊乱也是如此。肠道受损的方式有很多种，而且程度不同。前面我们提到了肠道的四个重要组成部分，了解肠道的这四个部分是如何各自独立受到影响的，是认识我们身体远端看似无关的部分是如何遭受功能障碍的基础。
一般来说，肠道菌群和肠壁首先受到影响，而肠道免疫系统和肠脑会对这种情况做出反应，目的只有一个，那就是生存。
肠道菌群：内部的湮灭
我们首先从肠道菌群说起，因为它是肠道的第一部分，它承受着许多不自然的条件，然而大多数人认为这是正常的。人体的肠道菌群是维持身心健康的关键因素，从我们出生的那一刻起，它们就开始在肠道中定植，也是从那一刻起，它就开始受到各种攻击。虽然分娩是动物最自然的本能之一，但是人类的分娩方式已经从本质上偏离了大自然母亲的本意。很多人为了减轻分娩的痛苦或者为了让孩子在一个良辰吉日出生，在不符合剖腹产指征的情况下选择剖腹产。其实，胎儿在子宫里通常是无菌的，但在通过产道时，它首先会接触到细菌，这些细菌会在婴儿肠道中定植，这是婴儿肠道菌群的第一次定植过程，也被认为是第一次自然疫苗过程。这种情况不会发生在剖腹产过程中，而且在剖腹产过程中，母亲通常还要注射抗生素，这最终会对婴儿的肠道菌群产生更大的影响。即使是通过阴道分娩，也可能会导致阴道撕裂，医生通常也会使用抗生素来防止感染。在此之后，患有乳腺炎的女性通常也会服用抗生素。这些都会阻止有益细菌在新生儿的肠道内的定植。
之后，很多孩子可能会用抗生素治疗喉咙、耳朵、鼻窦等各种感染。因为抗生素使用得很早，所以，我们中有太多的人一直生活在肠道菌群受损的环境中，从未真正健康过。现在很多患有慢性疾病的人通常有长期服用抗生素的历史，而且往往使用抗生素越早，症状越复杂且越难以诊断。有时候一个疗程的抗生素也可能导致健康相关问题的出现。
当然，这里不是说我们绝对不能使用抗生素，在某些紧急情况下确实可以挽救我们的生命。但是目前，我们过度甚至不负责任地使用抗生素，这让我们的肠道中我们赖以生存的细菌，特别是有益细菌大量减少甚至完全消失，没有它们，我们可能无法健康的生活。对于抗生素的使用，我们应该更加谨慎和警惕。
然而，还远不止这些，还有其它一些来源的抗生素正在摧毁我们的肠道菌群。抗生素还广泛应用于养殖业，它们也会残留在我们所吃的食物中。此外，我们也经常可以看到报道自来水中检测出抗生素。这些抗生素也会杀死我们肠道中的有益细菌。另外，在食品加工过程中，许多化学物质会被添加到食品中，以杀死任何会缩短产品保质期的细菌或真菌，这就是大家熟悉的防腐剂，但其本质上是起到了抗生素的作用。其它一些化学物质，包括人工甜味剂、乳化剂等等，也会破坏我们的肠道菌群。所以，在选购食品的时候，应该尽量选择添加剂少、保质期相对较短的，你所吃的东西保质期越长，你的保质期也就越短。
即使我们吃的都是健康有机的食品，过量的进食和不规律的进食也会导致肠道菌群的破坏。这些往往对有益细菌有害，最终在我们的肠道中创造了一个有利于致病菌繁殖的环境。
一些致病性的微生物通常会不断地沿着消化管向下移动，但是只要有足够的有益细菌在那里驻守，它们就没法在那里扎根。一旦在那里扎根，这些危险分子就会和我们争夺营养，并且攻击我们的肠壁。这种对肠壁的攻击的后果是：首先，它阻止身体吸收有价值的营养物质，身体需要这些营养物质来制造激素、神经递质以及参与身体的分子活动。其次，它使免疫系统暴露在大量抗原之下，迫使免疫系统进入防御模式；最后，这种攻击还会迫使肠脑协调所有的免疫反应，从而消耗肠脑，这通常会阻止身体完成许多主要功能。
以B族维生素为例，这些维生素是人体制造骨髓中的红细胞、在肝脏中产生解毒所需的化学反应以及在神经元中产生神经递质所需要的营养物质。这是一类细菌依赖的营养物质，没有健康的肠道菌群，身体就不能充分吸收这些必需的B族维生素，从而阻止身体充分发挥这些重要功能，再加上其它大量依赖于细菌的营养物质，体内的所有其它生化反应都可能受到影响，其后果可能是毁灭性的。肠道中有益菌减少而有害菌大量繁殖，导致肠道菌群失调，是我们生活在非自然环境中不可避免的结果，而且可以说是当今影响人们最常见的问题。我们每个人都有某种程度的肠道菌群失调。
健康肠道菌群的重要性怎么强调都不过分。许多研究表明，肠道菌群组成的变化与各种疾病有关，比如过敏、哮喘、炎症性肠病、肥胖、糖尿病、皮肤疾病、神经精神疾病和许多其它疾病。
当细菌要进入消化道时，它们大多是独立活动的。即使它们有数十亿个，它们之间在物理上是分开的。然而，一旦进到里面，它们很快就会明白团结就是力量。多达80%的可能在肠道和身体其它部位造成问题的微生物都过着群居的生活，实际上，它们会建造一个属于自己的“公寓”并和数百万小伙伴一起生活在其中。当一些致病菌或机会致病菌发现自己在肠道内彼此接近时，它们就开始产生一种黏液性的凝胶状物质，并将其包裹起来，然后和旁边细菌融合到一起。用专业术语来说，它们被称为生物膜，这使得这些致病性微生物对抗生素的抵抗力提高了上千倍。
不同种类的细菌、寄生虫和念珠菌（或酵母菌）可以共享一个生物膜，这意味着它们只需要很小一部分就可以动员成一支强大的军队，来对抗肠壁和肠道内的免疫系统。这个保护性的屏障就像一个碉堡，可以抵御其它细菌、身体的免疫系统和抗生素。这是一个高度复杂和精心设计的碉堡，它具有运送食物和废物的通道。除此之外，生物膜还能扣押矿物质和重金属，包括钙和铁、汞和铅等。有了这些矿物质和重金属，生物膜变得更加坚硬，因此更不易被清除。
肠壁：身体的致命弱点
在前面我们说过，肠壁有三个重要的功能：首先，消化食物和吸收营养；第二，阻止有害物质进入血液，包括未消化的食物和细菌等，防止免疫系统与这些外源物质的接触；第三，清除身体血液中的代谢和有毒废物。然而，当肠壁受损时，所有这些功能也都跟着受损。
有很多因素可以破坏肠壁。尽管它不像皮肤表面那样平整光滑，但两者非常相似。我们的皮肤在身体和外界之间起着物理屏障的作用，阻止外来生物和其它物质进入身体循环。一旦外来生物进入血液，就会导致严重伤害甚至死亡，这就是为什么我们需要对伤口进行消毒的原因。当皮肤屏障功能受到破坏时，一些微生物就有可能潜入体内。
我们的肠壁也是如此。当肠壁细胞被某些致病性微生物破坏时，或者当那些被破坏的细胞没有及时更新时，肠壁上就会形成漏洞。肠壁细胞需要一些基本的物质来保持分裂和更新。其中一些基本成分，比如谷氨酰胺，只有在健康饮食和拥有健康肠道来消化和吸收这些营养物质时人体才容易获得。如果不是这样，细胞就不能形成和更新并修复漏洞。另外，肠壁细胞之间的紧密连接也可能发生松动，这也会导致肠道通透性增加，这就是肠漏。由于肠漏，免疫系统直接暴露在未完全消化的食物、毒素和大量原本不应该接触到的微生物面前。
当肠壁受损时，它吸收营养的能力也会减弱。即使我们吃的是最健康的食物，但是我们可能没有真正吸收所摄入的营养。没有了一些重要的营养物质，一些重要的身体系统功能就会减慢，这可能阻碍身体从血液中清除废物的能力，导致有毒物质的堆积。
肠道是一个高度复杂和精心设计的器官，能够完美地适应自然环境。然而，我们现在为自己所创造的生活环境已经脱离了自然，它们开始破坏我们的肠道菌群和肠壁。肠道菌群和肠壁也成为了我们非自然的生活环境的第一个受害者。它们的恶化就是我们患病的开始。一旦它们开始出现故障，身体就会做出反应，触发特定的生存机制和复杂的适应补偿过程，然而，讽刺的是，这只会进一步削弱我们的身体。
这是我们的致命弱点。当周围的支持系统失效时，肠道的另外两个部分——免疫系统和肠脑——会去适应和补偿，结果可能影响肠道免疫系统和肠脑的正常工作，导致严重后果。
肠道相关淋巴组织：国土安全混乱
当肠道菌群和肠壁受损时，肠道中的免疫系统就会接触到数量空前的微生物、未消化的食物和有毒化学物质，所有这些物质都被人体识别为外来物。这一安全漏洞会让肠道免疫系统开始行动，立即引发一系列不同的反应。这些反应的本意是为了保护我们，但是它可能导致一些非特异性的症状，通常很难找出其根本原因，比如疲劳，在肠道相关淋巴组织极度活跃的情况下尤其如此。如果我们能够将肠道相关淋巴组织的所有细胞分离出来并将它们聚集在一起，它们将比身体最大的肌肉股四头肌还要大。肌肉的功能是收缩和引起运动，肌肉细胞工作时就是这样，在这个过程中消耗能量。想象一下，如果你得了一种疾病，迫使你的股四头肌不断收缩，你会感到多么疲惫。
我们每个人的肠道相关淋巴组织或多或少都处于持续的攻击状态，就像肌肉不断运动一样，只是它们的功能不同。它们的工作虽然不像肌肉收缩那么明显，但是工作的强度丝毫不减。当肠道相关淋巴组织细胞发动攻击时，它们会耗尽宝贵的资源和能量。这些细胞产生抗体并增殖，引起各种化学反应，在身体其它部位造成相应的影响，比如，当肥大细胞产生和释放组胺时，会导致气道梗阻、血管舒张、黏液分泌和瘙痒等等。有些人可能只是感到筋疲力尽，没有其它症状。
肠道免疫系统会以多种方式对全身的细胞、组织和器官造成破坏。在最温和的情况下，它们最终会导致特定的症状，比如打喷嚏、发痒或咳嗽。这通常是免疫系统所激活的用来清除外来入侵者的机制。打喷嚏和咳嗽是为了清除空气传播的入侵者，如花粉或螨虫。因此，免疫系统试图通过任何必要的手段来摆脱它们似乎是合乎逻辑的。发痒是免疫系统告诉我们抓挠并清除皮肤或粘膜上的东西的一种方式。一些季节性花粉过敏的患者在修复肠道以后可以明显减轻过敏的症状，花粉依然存在，但肠道修复好，他们不再产生过敏反应。
有些人在某些食物触发肠道相关淋巴组织时也会出现同样的症状。所以，当某些有问题的食物引发了即时免疫反应时，也可能会出现瘙痒或打喷嚏。但是，肠道相关淋巴组织也有延迟机制，这意味着瘙痒和打喷嚏可能在吃完食物72小时后才出现。肠道紊乱也可能导致皮疹和皮损，当你在没有接触什么东西或没有蚊虫叮咬的情况下出现皮疹，那么可以找找肠道的原因。在更严重的情况下，肠道免疫系统激活的机制最终完全混乱，造成了最令人困惑的生物背叛，开始攻击自身组织，那就是自身免疫性疾病的发生。
那么，肠道免疫系统是如何运作以及如何发生混乱的呢？我们用个简单的类比来说明。我们大家都很熟悉乐高积木。就其本身而言，每一块乐高积木看起来都是一个基本的形状；但是，当几个部分被连接在一起时，它们可以形成任何东西的形状。如果你给朋友看一组搭建好的乐高玩具，他会立刻认出你搭建的是什么。但是如果你把拆成一个个积木块，你的朋友也许永远也弄不清楚几分钟前这是什么东西。这与食物在细胞和分子水平上的变化非常相似。无论我们吃什么，通常都是由碳水化合物、蛋白质和脂肪三种主要成分组成的，当然还包括其它一些营养成分，比如矿物质和维生素。当食物被分解成肽和氨基酸、更简单的碳水化合物和更简单的脂肪时，它们可以通过肠壁和紧密连接进入身体，在这里，肠道相关淋巴组织会对其进行扫描。只要进来的食物足够小，肠道相关淋巴组织就会认为它们是中性的。
人体的免疫系统可以识别物质的表面，我们自身的细胞、微生物、未消化的食物和外来物质都有可识别的表面。每个表面都有一个代码，免疫系统的每个细胞都有一个代码库，表面含有这些代码的物质被认为是可以接受的或被识别为“自我”。肠道免疫系统的工作就是连续扫描穿过肠壁的所有物质的表面。如果物质表面没有被识别为可以接受或“自我”，则会启动一组适当的响应，其严重程度与其识别的代码的威胁等级相匹配。如果威胁被认为很严重，肠道相关淋巴组织就会通过肠脑以及离开肠道的和在血液中循环的免疫细胞向全身发送信号，去摧毁任何具有该威胁代码的东西或者任何有类似代码的东西。但是有时我们自己的细胞和组织表面的代码可能与之类似，所以免疫系统最终会攻击自己的细胞和组织。
人类的表面代码系统被称为人类白细胞抗原（HLA）系统，是主要组织相容性复合体（MHC）的一部分。例如，自身免疫性疾病中的脊柱关节病，包括强直性脊柱炎、反应性关节炎和类风湿关节炎等，都涉及一个共同的表面代码：HLA B27。其它自身免疫性疾病，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病、虹膜炎和皮肤损害，也有HLA B27的参与。有一种理论认为，肠道中的许多微生物，比如克雷伯氏菌，也具有HLA B27表面代码。当肠道通透性增加，也就是发生肠漏时，肠道相关淋巴组织就会暴露于这一表面代码，从而引发免疫系统紊乱，无法区分“自我”和“非自我”，最终攻击关节和其它器官。
自身免疫性疾病的类型取决于免疫系统攻击的组织或器官。其实，不管是哪种类型的自身免疫性疾病，最重要的是需要知道免疫系统为什么会出现紊乱，而这种紊乱几乎总是发生在同一个地方，那就是我们的肠道。
另一个免疫系统紊乱攻击宿主的例子是桥本氏甲状腺炎，这通常是免疫系统对麸质的交叉反应。当肠漏发生时，摄入麸质会导致肠道相关淋巴组织对麸质进行攻击，但是甲状腺系统的某些表面和麸质的表面非常相似，所以甲状腺最终会受到免疫系统的攻击。
现在，自身免疫性疾病的发病率不断攀升，大多数患者通过服用类固醇激素或化疗来抑制免疫系统，然而都只能暂时的缓解症状。其实，在很多情况下，通过修复肠道可以解决免疫系统的混乱，不仅可以避免药物的治疗，甚至可以完全恢复健康。
肠脑：GPS故障
即使在最理想的情况下，肠脑也是非常忙碌的，它不断地协调着肠道各个方面的功能。例如，肠道蠕动，这是肠壁肌肉的收缩，使食物和废物能够沿着消化道移动。在肠道蠕动过程中，肠脑通过神经纤维向每个肌肉细胞发送信号，同时也协调进出肠道相关淋巴组织的信号。通过这种方式，肠脑不仅调节肠道相关淋巴组织不同部位的活动，还将肠道相关淋巴组织与全身其它免疫系统联系起来。从本质上说，肠脑是肠道相关淋巴组织的通信设施。
与此同时，肠脑还负责协调激素系统的代偿性反应。最常见的例子是刺激肾上腺产生更多的皮质醇，作为应对压力最基本的反应。此外，肠脑通过调节消化的许多方面，与消化过程密切相关，比如在适当的时间将储存在胆囊的胆汁挤压到小肠。通过与腺体和组织的交流，它还有助于激素平衡。
当肠道菌群失调和肠漏发生时，肠脑就会转移注意力，去协调肠道相关淋巴组织的反应，并补偿由于肠壁和肠道菌群受损而导致的许多其它失衡。肠脑很快变得忙于协调其它“紧急”功能，以至于正常的日常功能受到影响。比如，肠道蠕动就可能首先受到影响，结果可能就是便秘的发生。
神经元通过制造和释放神经递质进行交流。为了以所需的速度制造它们，必须有可利用的营养物质。一些合成神经递质所必需的营养物质在肠道菌群失调和吸收障碍的肠道中是最先被消耗掉的，比如B族维生素、镁、钙和钾等，这会增加肠脑的功能障碍。
现代生活方式就是这样一步一步破坏我们的肠壁和肠道菌群，导致肠道免疫系统和肠脑功能紊乱，从而导致疾病的发生。现代社会几乎所有慢性疾病的发生都可以追溯到肠道功能的紊乱，修复肠道将是确保我们终生健康最重要的一步。
