多糖是生物体内重要的大分子化合物，因其构成的不同而具有不同的生物活性，具有增强免疫、抗病毒、抗氧化等功能。海参多糖是海参体壁的重要成分，其含量占干质量的6%以上，海参多糖主要包含两类：粘多糖和岩藻多糖。
1、海参粘多糖是由D-N-乙酰氨基半乳糖、D-葡萄糖醛酸和L岩藻糖组成的杂多糖，具有抗动脉粥样硬化、降血脂、抗炎、抗病毒、抑制肿瘤以及调节代谢的作用。
2、海参岩藻多糖是由L岩藻糖构成的直链匀多糖，岩藻多糖最初于1913年由瑞典乌普萨拉大学KylinH.Z.教授从海带黏滑液中发现的，目前是藻类功能食品应用中主要的活性物质。海参岩藻多糖在本质上与藻类岩藻多糖类似，但海参岩藻多糖存在部分羟基发生酯化的现象，其功能活性更为突出。
海参多糖最大的优势便在于硫酸酯化的比例较高，综合含量在32%左右，粘多糖和岩藻多糖都有部分发生硫酸酯化，其中粘多糖硫酸酯化的比例更高。多糖的硫酸酯化是多糖应用发展的趋势之一，其优势在于为多糖增加功能因子，能明显增加或提高多糖的功能性。研究指出，硫酸酯化多糖与肠道微生物菌群有关联，可以通过调节肠道微生物群和改善微生物代谢产物以及肠道组织来预防饮食诱导的肥胖及其相关疾病。
海参皂苷是海参的主要次生代谢产物，是其进行化学防御的物质基础，是由苷元和糖链通过β-糖苷键结合而成，主要为三萜皂苷，分子组成及结构的差异直接造成功能的差异。海参皂苷能与生物膜上的甾醇分子结合成复合物，在膜上形成单一离子通道和空隙，导致生物膜溶解，另外肿瘤细胞对三萜苷具有敏感性，因此形成了海参皂苷独特的生物活性，具有抗肿瘤、抗真菌等作用，还有研究指出，海参皂苷有助于骨密度的提高。
此外，海参多肽、海参脑苷脂等也日益成为海参活性物质研究的重点，海参体壁中含有多种活性多肽，比如从海参上皮组织分离获得的由亮、脯、丝、精等氨基酸构成的五肽，具有抗肿瘤和抗炎活性。脑苷脂是一类广泛存在于脑组织中的中性糖鞘脂，海参脑苷脂对神经具有保护作用，且能够调节脂肪肝脂肪代谢作用。
在海参综合利用方面，海参内脏具有潜在的开发价值。长期以来，海参加工过程中的主要下脚料海参内脏很少得到利用，而在日本、韩国等将海参肠卵誉为"海参花"，内脏也得到充分利用。海参内脏经过酶解后，其营养物质得到充分释放，其中粗蛋白质含量约为73%、灰分13%、多糖6%，在动物实验中海参内脏酶解产物也表现出一定的抗疲劳功效，健康效应突出，是极具综合利用潜力的方向之一。
