利用微生物的作用而制得的食品都可称之为发酵食品。我国传统发酵食品历史悠久，曾影响着日本、朝鲜等国家。近年来，我国发酵食品工业化水平逐年提高，白酒、啤酒、葡萄酒、酸奶等产品的工业化生产发展迅速，其它产品如腐乳、豆豉、酱油、发酵肠等，工业化程度相对较低。因此必须提高我国传统发酵食品工业化水平，参与国际竞争。
如今说到传统食物，一般都会联想到“原始”、“落后”、“作坊”、“手工”等，其实这不正确。各地传统食品是当地人类在很长的发展历史中顺应自然、赖以生存和不断创新发展形成的。传统食品的本质特色就是和当地自然条件、生命健康及社会的和谐，其生命力和价值也在于此。当然，随着社会发展、科技进步，传统食品也要与时俱进，和不同地域的食品交流、融合、不断创新。事实上每个国家的传统食品一直都在不断创新与发展，我国也不例外，只是国情不同，发展速度有相当大的差异。
中国的传统食品不仅是宝贵的文化遗产，它还是人类伟大文明的重要组成部分。人类发展史上，由于社会历史、自然环境等原因，形成了不同的饮食文化圈。而其中传统发酵食品更是中华食文化的代表，不仅至今为国人之生活必需，而且无论过去和现在都深刻影响着整个人类饮食文明。中国人历来视“柴、米、油、盐、酱、醋、茶”为生活的基本保障，其中酱、醋、茶都和发酵有关。其实我国传统发酵食品远不止这些。我们的祖先为了生存和发展，很早就发现了利用微生物的发酵作用可以提高食物的味道、储存时间等，创造了一系列的发酵工艺和发酵食品。例如，以粮食为原料发酵制成的烧酒、白酒、豆豉、酱、醋等被称为是固体发酵的起源，甚至一些工艺至今还是国外同行希望了解和模仿的热点。中国传统发酵食品有着非常丰富的内涵，其种类之多，方法之妙在其他国家都是罕见的。除了各种酒类产品之外，在人们的日常饮食中发酵食品几乎无处不在。
虽然我国的发酵食品行业历史悠久，但受传统工艺影响较深，对发酵食品微生物的研究与应用、传统生产工艺改进起步较晚。尤其是利用现代生物技术如基因工程等前沿技术对发酵食品微生物进行优良菌种筛选工作成绩较少；企业生产没有形成规模或有一定的规模，但产品结构不合理，资源浪费严重，环境污染突出，经济效益低下；另外，对于大部分发酵食品的生化背景了解甚少，所进行的有关食品发酵的研究仍停留在产品和工艺的描述上，在大部分食品的发酵背后的生化原理和起作用的机理仍需揭示。
因此，面对发酵食品行业所面临的问题，一是要通过对现有优良菌种的扩大应用、前沿生物技术改良菌种、发酵机理研究等手段，使我们在微生物菌种研究及应用上占优势，缩短与国外差距；二是对传统发酵工艺进行改进，实现纯种发酵，发酵过程可控，才能使产品优质稳定；三是把确定的食品发酵工艺用于开发新产品；四是加快发酵工业原料结构、产品结构、技术装备结构的调整，扩大生产企业规模，提升行业的整体水平，实现非粮深加工产业与玉米深加工产业的协调发展。五是坚持循环经济，推行清洁生产，提高资源利用率，降低能耗、物耗，减少污染物的排放。
在发酵食品微生物的菌种选育过程中，首先要注重安全性，用于生产中的微生物菌种本身是安全的，为非致病菌，代谢产物不含毒素，生产的发酵食品对人体不能有任何损害；其次菌种的遗传稳定性也非常重要，只有生产性能稳定的菌种，才能保证产品质量均一稳定。
在分子生物学突飞猛进的今天，国内外研究机构和生产企业正在利用筛选、诱变、基因重组等技术进行发酵食品微生物的研究与生产。这就要求我们在菌种选育上要重视产品的个性化，突出优势，根据产品所要求的不同特性，研究生产具有个性化的微生物发酵剂，且保存、运输及使用方便，质量稳定，价格适中，相对产品的针对性及个性化强。同时，发酵食品要首先考虑顾客的爱好，让产品最大限度地符合顾客和市场的需要。
配合优良菌种，运用现代发酵工程技术、代谢工程技术等生物技术手段，以优化产业生产发酵工艺为重点，实行自主创新，实现发酵工业原料结构的最优组合，降低生产成本，改善产品品质。积极推动节能减排，走循环经济的发展道路，推进节能减排新技术、新设备在行业内的推广应用。
