《通知》要求，各级各类医疗机构要严格落实主体责任，充分认识到保健食品、婴幼儿配方食品、特殊医学用途配方食品是涉及“一老一少一病”等特殊人群食用的特殊食品，要提高食品安全风险意识。医疗机构经营特殊食品应取得食品经营许可证，经营过程要符合国家法律法规规定，销售食品、保健食品时严禁宣传具有治疗作用。医生或临床营养师在指导患者使用特殊医学用途配方食品时，要明确告知其产品属性。
《通知》明确，各地市场监管部门要严格履行监管职责，将从事食品经营的医疗机构纳入监管范围，重点检查经营主体资格是否合法、经营的产品是否合规、经营行为是否规范，是否存在虚假宣传。要通过特殊食品知识宣讲、发放张贴宣传资料、播放宣传视频等形式，大力宣传特殊食品科普知识，提高广大消费者食品安全知识知晓水平。
《通知》指出，各地卫生健康部门要严格落实行业主管责任，将医疗机构违规经营食品、不规范指导推荐特殊医学用途配方食品、虚假宣传等问题纳入行业乱象治理范围，对发现的食品安全风险隐患要及时通报当地市场监管部门。要加强对医务人员职业道德和食品安全法律法规培训，对违反规定的医务人员依法依规处理。
