其中涉及保健食品的重点工作如下：
实施保健食品行业专项清理整治行动。严厉打击保健食品欺诈和虚假宣传、虚假广告、传销等违法犯罪行为。开展以老年人识骗、防骗为主要内容的宣传教育活动。大力整治保健食品市场秩序，严厉查处各种非法销售保健食品行为。（市场监管总局、国务院食品安全委员会相关成员单位按职责分工负责）
简化准入审批流程。推动实现“一网通办”“掌上办”，推进许可证照电子化应用。对低风险食品及相关产品生产许可，探索推行“先证后查”“自主声明”“公开承诺”，食品经营许可审批时限压缩三分之一。推进保健食品注册备案改革，完善婴幼儿配方乳粉产品配方和特殊医学用途配方食品注册管理。（市场监管总局负责）
《重点工作安排》实际上是落实《中共中央 国务院关于深化改革加强食品安全工作的意见》（中发〔2019〕17号）的有关内容，其中就明确要求实施保健食品行业专项清理整治行动和推进保健食品注册与备案双轨运行。
其实已经过去的近半年时间里，“整治”市场和“推进”双轨制的一直是保健食品的监管重点。对于保健食品而言“高压”一词，可能是2019年、甚至其后几年我国营养保健食品市场监管的一个重要特征。
关于整治
针对“保健“市场的“百日行动”于2019年1月8日正式开始， 13部门在全国范围内，针对六个重点行业及领域、四类重点场所及区域和十类重点违法行为，开展为期100天的执法专项行动。截至4月18日：出动执法人员274.1万人次；开展协作执法4.2万次，捣毁制假售假窝点465个；罚没款6.64亿元，曝光典型案例100个；建立长效监管机制收到意见建议546条。
同时，年初总局发布《关于保健食品标签管理相关规定的公告 ( 征求意见稿 ) 》其中要求保健食品标签应当设置特别提醒区及特别提醒。特别提醒须同时包含“本品不能替代药物”及“保健食品不具有疾病预防、治疗功能”两项内容。
4月8日，总局下发的《关于进一步加强直销监督管理工作的意见》，要求“加强对直销企业经销商的监管，各地工商和市场监管部门应对辖区内直销企业的经销商的注册登记信息加强了解，关注其是否有固定经营场所，是否具有合法营业执照……应充分运用各种监管手段，督促辖区内直销企业经销商不得从事直销活动，不得对产品进行夸大虚假宣传，不得以直销企业名义从事商业宣传、推销等活动，不得组织或参与传销。”该规定，恐会导致现有直销的销售灵活性大大降低，与传统零售模式相比竞争优势荡然无存。
5月22日，市场监管总局通知于2019年5月-12月开展保健食品“五进”活动，宣传紧紧围绕“保健食品不能替代药物”的核心理念，强调保健食品和普通食品、药品的区别。
6月6日，市场监管总局再度出手，要求地方各级市场监管部门举一反三，针对企业名称中含有“生物”“医药”“科技”“保健”“高新技术”等字样的，获得饮料、糖果制品、代用茶、其他食品等生产许可的，产品易误导消费者与特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品、保健食品等混淆的普通食品生产企业，加强监督管理。同时，要求严厉打击虚假宣传，对会销和直销渠道更是重点点名。
关于推进双轨制
近期一些双轨制相关的文件开始陆续公开征求意见
3月28日，《 市场监管总局征求调整保健食品保健功能意见的公告》中涉及调整、取消和进一步论证的功能共计45项。现行的27项功能中， 有3个计划被取消（促进泌乳、改善皮肤油分和改善生长发育），6个有待进一步论证（辅助降血脂、辅助降血糖、辅助降血压、对化学性肝损伤有辅助保护功能、对辐射危害有辅助保护功能和促进排铅）。
4月1日，《关于公开征求辅酶Q10等5种保健食品原料目录意见的公告》对辅酶Q10，褪黑素、鱼油、破壁灵芝孢子粉和螺旋藻这五种保健食品原料的目录内容、技术要求等公开征求意见。这是第一批功能类原料备案征求意见，这五类产品预计将于近期开放备案。
4月8日，《市场监管总局关于征求<保健食品毒理学评价程序（征求意见稿）>等意见的公告》中强调，“此后检验机构受理的以《保健食品检验与评价技术规范》（2003年版）为检验依据的检验（试验）报告，已不能作为保健食品注册的技术审评依据。”意味着，新的评价方法没有公布前，大量的功能产品已不具备检验依据，无法进行申报。
同时，《保健食品毒理学评价程序（征求意见稿）》中意外的出现保健食品的"新"定义：“保健食品是指声称保健功能，不得对人体产生急性、亚急性或者慢性危害的特殊食品。包括属于补充维生素、矿物质等营养物质的营养素补充剂，以及声称保健功能的产品。”
6月3日， 《保健食品备案产品可用辅料增补名单（一）》公开征求意见，该名单中新增辅料17项包括果蔬粉、姜黄素、磷脂等。
6月13日，《保健食品卫生学理化检验规范（征求意见稿）》其中规定了保健食品和原料的卫生学技术要求的检验项目及方法。适用于保健食品的注册、复核和备案检验、监督抽验、风险监测及常规检验项目的确定和方法的选择。
其实，无论是“整治”还是“推进”遇到拦路虎，都是那一只。
