4月14日起，国家出入境检验检疫管理职责和队伍统一划入海关总署。4月20日起，在上海关区，原上海出入境检验检疫局21家分支机构和直属单位统一以海关名义对外开展工作，一线旅检、查验和窗口岗位实现统一上岗、统一着海关制服、统一佩戴关衔、统一使用海关标识。
十三届全国人大一次会议审议通过了国务院机构改革方案，明确“将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”。
国门安全管控上，海关将在原有安全准入（出）、税收征管风险防控基础上，增加卫生检疫、动植物检疫、商品检验、进出口食品安全监管等职责，通过建立信息集聚、 优化高效、协调统一的风险防控体系，推行全链条式管理，强化智能监管、精准监管。
促进贸易便利化上，海关将检验检疫作业融入到全国海关通关一体化“两中心三制度”整体框架，优化作业流程，减少非必要的作业环节和手续，从而降低通关成本，提升通关效率。
提升行政管理效能上，按照优化协同高效的要求，两支队伍融为一支队伍，两套印章减为一套印章，两次执法并为一次执法，全面落实“放管服”改革。
据上海海关介绍，上海口岸旅检监管、通关作业申报查验放行“三个一”（“一次申报，一次查验，一次放行”）、运输工具登临检查、辐射探测、邮件监管、快件监管、报关报检企业资质注册以及对外“一个窗口”办理等7个业务领域已完成优化整合，实现“一口对外、一次办理”，并完成业务单证及印章的统一替换。海关管理职责和原检验检疫管理职责实现深度、有机融合，作业环节大大减少，作业流程更加优化。
在旅检监管方面，作业现场整合为浦东国际机场、虹桥国际机场、吴淞口国际邮轮港、国际客运中心、上海火车站5个，作业环节从改革前的8个整合优化为5个。
在运输工具登临检查方面，监管环节从改革前的3个压缩为2个，海关根据不同检查要求，安排调度各类专业人员实施作业。
在邮件监管方面，作业现场统一整合至国际邮件处理中心，监管环节从改革前的17个优化整合为6个，监管设施也将实现集约化应用。
在快件监管方面，作业现场整合为浦东国际机场、虹桥国际机场和邮局3个，监管环节从改革前的9个优化整合为4个。
在报关报检企业资质注册以及对外“一个窗口”办理方面，企业在海关注册登记或备案后，同时取得报关报检资质。原来在同一行政大厅分设的报关报检窗口合二为一，统一对外办理相关业务。
上海海关表示，将抓住转变优化职能这个关键点把各项改革任务落到实处，通过整合再造作业流程，优化职能实现方式，推动实现通关效率更高、通关成本更低、营商环境更好、监管更严密、服务更优化。
