尽管食品质检体系不断完善，但是现实存在的问题也不容忽视，食品安全形势依然严峻。一些“山寨”食品、“三无”食品仍在城乡接合部、农村地区大行其道。城市早市上，小商贩的瓜果蔬菜便宜，大伙图个方便，但这些农产品谁来质检？现在食品还面临源头污染突出等问题，农药兽药残留和添加剂滥用仍是食品安全的大隐患。同时，食品生产经营企业多、小、散，监管难度大。数据显示，全国1180万家获得许可证的食品生产经营企业中，绝大部分为10人以下小企业。互联网食品销售迅猛增长、外卖订餐日益火爆，这也带来了新的风险和挑战。此外，基层监管队伍特别是专业技术人员短缺，打击食品安全犯罪的专业人员严重不足，监管手段、技术支撑等仍需加强。然而，我国现阶段，食品质量检验市场没有放开，能为群众提供食品质检服务的机构少之又少，造成群众求检无门或者成本过高，食品质检服务水平不能满足群众需求。
确保人民群众“舌尖上的安全”，是重要的民生问题，更是全面建成小康社会的客观需要。国家也倡导全面建立严密高效、社会共治的食品安全治理体系。为此建议：国家应该实行市场许可证制度，进一步放开食品质检服务领域，允许有能力、有意愿的第三方质检机构进入市场，为群众提供权威、快捷、实惠的食品质检服务，通过增加供给和市场创新，降低食品质检服务价格，改进质检服务水平。
加强对第三方监管，保障市场公平有序、健康发展。尽快制定出台促进食品质检市场开放和加强市场管理的法规或行政条例，形成新型市场许可制度，做到依法监管、依法行政；建立完善新型配套执法体系，严格执法，切实履行政府监管职责；研究设计食品质检市场化改革路线图，使市场开放程度与政府监管保障能力相适应。
政府相关部门还应该主导并鼓励市场化质检机构参与共建，加强食品质检信息化数据平台建设，着力打造基于市场、内嵌监管、数据分享的“云平台”。通过平台，食品各项信息实现全程可追溯，同时平台上质检结果提供在线检索，为电子商务在线交易提供数据支持。
