然而，食用鲜银耳带来的食品安全风险应引起重视。1984年，山东省东平县暴发了第一起因食用变质鲜银耳引起的食物中毒事件。中毒原因为环境中的椰毒假单胞菌污染了培植中的鲜银耳，产生大量米酵菌酸毒素，导致鲜银耳腐烂变质，而培植户唯恐浪费，馈赠亲朋好友或自家炒食、凉拌变质的鲜银耳，导致老人、儿童及亲友中毒、死亡。迄今，未见因食用干银耳引起米酵菌酸毒素中毒的报道。
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正确选购
正确辨别银耳的质量。银耳一般呈菊花状或鸡冠状，由10余片薄而多皱褶的菌片组成。鲜银耳纯白至乳白色，半透明，富有弹性；干银耳质硬而脆，呈米黄或金黄色。如干银耳色泽过白，则可能是用硫磺违规熏制。
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合理加工
1.干银耳经水泡发后，应朵形完整、菌片呈白色或微黄，弹性好，无异味。如发现菌片呈深黄至黄褐色，不成形、发粘、无弹性，有异臭味时，应丢弃，不能食用。
2.发好的银耳要充分漂洗，去除银耳基底部发生褐变的部分。
3.银耳宜充分加热煮食。
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远离“鲜”银耳，预防变质鲜银耳中毒
1.受培植环境及土壤的影响，鲜银耳容易污染致病菌并产生毒素，因此在人工栽培银耳的地区，禁止在农贸市场出售自家采摘的鲜银耳。
2.栽培银耳的农户，务必及时丢弃已经变质的鲜银耳，切忌不要自家炒食、凉拌鲜银耳，更不要将变质鲜银耳馈赠亲朋好友。
3.如发生呕吐、腹痛，甚至出现黄疸、血尿及抽搐等神经系统症状的疑似中毒人群，应立即停止食用可疑中毒食品并及时就医。将剩余食物封存，送当地卫生专业技术机构检验。
