为落实中国水产科学研究院与浙江省海洋与渔业局科技合作战略，在中国水科院的组织和协调下，渔业机械仪器研究所联合浙江省淡水水产研究所等单位，依据浙江省出台的“治污水、防洪水、排涝水、保供水、抓节水”的“五水共治”政策，在浙江省湖州、嘉兴等重点养殖区开展水域污染综合治理，取得了初步的成效。
浙江省是水产养殖大省，仅南太湖流域，水产养殖面积就达63万亩，是我国著名的鱼米之乡和“桑基渔业”的发源地。由于该地区的水产养殖仍主要采用传统养殖模式，普遍存在着养殖设施陈陋、养殖方式粗放、水域环境恶化等问题，致使该地区的水产养殖病害频发、用药量大、养殖效益不高等问题日益突出，严重制约了该地区水产养殖业的发展。同时，由于无节制的追求高密度养殖，缺少必要的水处理设施构建，养殖过程大量换水，即对周边水域生态环境造成了一定的污染，也使得外部水域中的重金属、难降阶化合物、环境激素等有毒有害物质进入养殖水体，给养殖水产品带来安全质量隐患。
围绕着浙江水域生态治理和“五水共治”的要求，2015年以来，渔机所生态工程研究团队与相关单位一起，先后对浙江省的湖州、绍兴、嘉兴、温州等地的水域污染状况进行了调研，对养殖水域生态环境状况进行了分析评估。根据调研、评估情况，渔机所研究团队结合当地实际，提出了以“清洁化养殖”为目标的水域污染综合生态工程治理方案，采取从养殖用水、养殖过程、养殖排放水实施生态工程化控制的养殖区综合治理措施。对难降解化合物和重金属超标的养殖用水，采取复合生态化处理措施，达标后再进入池塘；对养殖排放水采取“鱼-稻”结合，“鱼-菜-果”等综合方法进行生态治理，通过综合治理，实现生态养殖、水域环境治理同步达标。如针对甲鱼养殖污染重的问题，为该地区甲鱼养殖设计了室内外接力的复合生态养殖模式，并在湖州南浔等地推广应用；针对该地区加州鲈鱼养殖大量投饲冰鲜杂鱼污染重等问题，提出了采用浮性颗粒料代替冰鲜鱼料，肉食性鱼类与草食性鱼类混养等技术措施，构建了生态位结合的复合养殖系统，通过系统实现了水体碳、氮平衡，提高了水体自净能力，提高了饵料利用率；针对一些河段水质不稳定等问题，设计了养殖用水生态湿地处理系统等。
目前，渔机所研究团队已在湖州、海宁等地的10多个养殖场区开展了生态工程技术应用，并为海宁、湖州承担的太湖流域农业面源污染综合治理项目提供技术支撑，实施面积超过5000亩，取得了初步成效，得到了当地政府和养殖企业的认可与支持。下一步，渔机所研究团队将围绕“清洁化养殖”目标开展工作，更加深入系统的开展养殖水域生态环境研究，为建立绿色高效水产养殖生产方式提供理论技术支撑。
