一般来说，产生烂果子的原因可以分成三类：一是由于磕磕碰碰引起的机械性损伤；二是由于低温引起的冻伤；三是由于微生物侵染引起的霉变腐烂。
这三类损伤中，机械性损伤是最常见的。例如苹果碰伤后会变软，那些变软的部位，只是因为碰撞，细胞发生了破损，细胞质溢出。只要在碰撞后短时间内吃完(别让细菌在上面安居乐业)，这类“坏果子”并不会影响我们的健康。
低温冻伤典型的就是香蕉，香蕉放进冰箱后会变黑，那是因为在低温条件下，香蕉中的超氧化物歧化酶(SOD)的活性会急剧降低，不能及时清除细胞内自由基。越积越多的自由基会改变细胞膜的通透性，破坏细胞结构。另一方面，低温还能提高果胶酯酶的活性，这种酶会分解不溶性的果胶，从而使香蕉组织变软。
冻伤香蕉和碰伤苹果的结局是相似的——都是细胞的破损。如果没有细菌去抢占这些破损细胞的营养，这类坏果子也是相对安全的，虽然味道和口感会差一点。不过，由于细胞的破损，氨基酸、糖和无机盐等从细胞中流出来，给致病微生物，特别是真菌的生长提供了良好条件，一旦被霉菌侵占，问题就不同了。与碰伤、冻伤不同的是，霉变的水果，垃圾桶才是它们最好的归宿。
在水果上出现频率最高的就是以扩展青霉为代表的青霉，它们产生的展青霉素会产生引起动物的胃肠道功能紊乱、肾脏水肿等病症，并且因为展青霉素与细胞膜的结合过程是不可逆的，也就是说它们会赖在细胞上不走，会对细胞造成长期的损伤，甚至有致癌的可能。
