马丁在幽门螺杆菌的研究上成绩斐然，不过对这种已经被认定为“坏分子”的细菌，他的认识却有一个明显的转变过程。
幽门螺杆菌会导致胃癌与胃溃疡，这一点证据确凿，毋庸置疑。但马丁好奇的是，幽门螺杆菌对人体只有弊端而没有益处吗？如果真是这样为何世界上约一半的人都携带着这种微生物。
经过进一步研究，他发现随着人的衰老，幽门螺杆菌会增加你患胃溃疡与胃癌的概率，与此同时，它也保护了食管，降低你患胃食管反流疾病或者其他癌症的概率。对孩子来说，幽门螺杆菌甚至是有益的。但马丁已经多次看到，当有人检查出这种微生物，医生们就开出抗生素将它们消灭。
微生物群系已经与人类协同演化了数千年。它们广泛分布在口腔、肠道、鼻腔、耳膜以及皮肤各处。人类一般是从幼年时期开始获得这些微生物的，一个3岁儿童体内的微生物群系就已经与成人的非常相似了。这些微生物对你的免疫力至关重要。简单来说，你的微生物群系保障了你的健康，但不幸的是，它们中的一部分正在消失。
马丁最近的研究工作表明，20世纪早期出生的大多数美国人都携带着幽门螺杆菌，但是1995年之后出生的人中，携带这种细菌的比例只有不到6%。越是发达国家，微生物消失的速度就越明显。
滥用抗生素、卫生消毒剂、杀菌剂、甚至剖腹产，都加剧了微生物的消亡。马丁和赵立平都强调，微生物是以群系的方式生存的，它们彼此关联形成了相互支持的复杂网络。一旦某个关键物种消失或者灭绝，整个生态系统都将受害，甚至可能崩溃。
