肠道微生物影响婴儿免疫系统的发展
动物研究表明，与正常的健康小鼠相比，无菌小鼠的白细胞数量较少，更容易受到细菌感染，研究者认为其可能的机制是正常的肠道微生物可调节白细胞的生长，成为抵御致病微生物的第一道防线。
近年来人们逐渐开始认识到肠道细菌对婴儿免疫系统发展的重要作用，有研究指出剖腹产婴儿更易患过敏性疾病如哮喘和花粉症，且更容易发生急性肠胃炎而住院（有很大可能发展为腹腔疾病）。那么，婴儿的肠道微生物的组成最有可能受哪些因素的影响？
顺产还是剖腹产？
分娩方式对婴儿的微生物有很大的影响。在自然分娩过程中，与母亲阴道中肠道菌群的直接接触有助于新生儿肠道菌群的形成和定植，而通过剖腹产分娩的新生儿没有这种直接接触。一项研究发现，经阴道分娩的新生儿主要被乳酸菌定植，而剖腹产新生儿肠道中定植的主要有葡萄球菌和不动杆菌（皮肤和医院中最常发现的细菌混合物）。
这些早期的差异往往是持续的，一项研究表明剖腹产婴儿的葡萄球菌和不动杆菌在出生后六个月持续存在，此外顺产的七岁儿童粪便中的梭菌数显着高于同年龄剖腹产儿，遗憾的是我们仍不清楚这些差异对儿童的健康和疾病风险有何影响。
值得注意的是，剖腹产并非都是计划性的，一些孕妇在分娩过程中羊水破裂后再进行剖腹产，相比羊水破裂之前进行的剖腹产，婴儿会暴露在完全不同的微生物环境中。
母乳喂养还是配方奶粉喂养？
母乳喂养的新生儿的肠道微生物群明显不同于其他新生儿，母乳喂养已被证明可以减少新生儿坏死性小肠结肠炎(部分肠道死亡)的发展，儿童时期的过敏和自身免疫性疾病，包括腹腔疾病、Ⅰ型糖尿病和哮喘。其原因可能是母乳中含某种促进有益细菌生长的益生菌如双歧杆菌，从而比配方奶粉具有更高比例的有益细菌物种。有趣的是，当母乳喂养辅之配方奶粉喂养时，婴儿的肠道微生物群类似于完全配方奶粉喂养的婴儿，这对婴儿的患病风险有何意义？
美国的一项研究表明，母乳喂养婴儿的肠道微生物中富含“毒性”相关基因（具备抵抗抗生素和有毒化合物的能力），且肠道免疫系统相关基因也发生了变化，使他们能够更好地抵抗感染。进一步证明母乳喂养可以更好地促进婴儿的免疫系统和肠道微生物群之间的有益协作。
阴道微生物播种
看到这里，剖腹产且不能母乳喂养的孩子，该怎么办呢？别太担心，个体的患病风险是由环境和遗传等一系列因素共同发挥作用的，并非所有剖腹产婴儿患上自身免疫性和过敏性疾病的风险都会更大，而且有众多研究提出了改善剖腹产婴儿的肠道菌群组成的措施。
阴道”微生物播种”就是最近提出的一种新方法，人们认为剖腹产婴儿可能通过这种方式的环境暴露获得对他们有保护作用的肠道菌群。今年年初发表的一项proof-of-concept 研究（概念验证研究）证明，剖腹产后不久将阴道液转移至新生儿（通过医用拭子擦拭他们的嘴、鼻子和脸），这18名婴儿的微生物的分布类似顺产的婴儿。
目前尚不清楚这种方式的定植是否部分或完全等同于分娩过程中的微生物转移。我们也不知道这些婴儿以后的健康结果是否确实会受到这种人工移植的影响。
一些临床专家警告注意阴道分泌液转移，因为未知感染很有可能通过这种方式由母亲传染给新生儿。这种风险是客观存在的，例如将未确诊的B群链球菌传染给新生儿，给定12-15%的妇女的阴道液含有这种菌属。
更好的改善措施
促进剖腹产新生儿肠道菌群更健康地发展的措施是明智的。这些措施包括将新生儿的洗澡推迟到12小时之后、在手术室分娩后的几分钟将新生儿置于母亲的皮肤上，条件允许的话可手术室给尽快新生儿给予母乳。
此外，在模拟母乳的组成方面人们已经作出了很多努力，比如向配方奶粉中加入活肠细菌(益生菌)以及不易消化的纤维(益生元)，使之更趋近母乳喂养，这有助于配方奶喂养婴儿的微生物定植和免疫反应。但是，这种方法是否能带来切实的益处，尤其是在降低过敏性疾病的风险方面，尚缺乏确凿的数据
值得期待的是，新西兰的一个大型临床研究项目—妊娠中益生菌的研究——很快就能回答这个问题。四百名被诊断为怀有高风险的过敏性疾病婴儿的孕妇，在孕周14至16周时开始服用益生菌鼠李糖乳杆菌或安慰剂直到分娩，母乳喂养则在分娩后六个月仍持续服用。研究人员将检查婴儿是否会出现过敏性疾病如湿疹。结果将在不久的将来公布，可能有助于制定卫生政策。
写在最后
过去人们认为胎儿的胃肠道中没有微生物，分娩时才会通过与母亲的阴道或外界环境的接触开始积累微生物（细菌、病毒和其他病菌）。但是最近在早产儿的胎粪即第一次大便中发现了微生物（无疑这是胎儿自身肠道所积累的），使得这个理论受到了挑战，母婴肠道微生物组学仍需不断探索，不断发现。
