为了实现一次成功的审核，在有限的时间内收集审核证据，有效地完成审核任务，在审核活动的实施中，需对审核的全过程实施控制。对审核过程进行控制是审核组长的责任，审核组成员应积极配合。
审核过程的控制主要包括：
1、审核计划的控制
审核计划经审核委托方、审核组、受审核方同意确认。通常情况下，审核期间，审核组原则上应按审核计划确定的日程安排实施审核，对审核进度进行控制。特殊情况下，如出现原来没有估计到的非受控因素的影响，诸如关键人员紧急出差、停电、停水或其他意外而导致生产或服务现场无法正常运作等，可对计划作适当调整。计划调整后应与审核组成员及受审核方及时沟通。但应注意不要任意脱离计划实施审核。
保证按计划实施审核的关键，是要掌握好对每个部门或过程的审核节奏。审核员要注意控制审核时间，不要偏离审核线索。在现场审核中，充分利用检查表是控制审核计划实施进度的有效方法。这需要根据在该部门审核时规定的总时间，掌握好审核该部门中每个要素所占的时间长短。如果所制订的审核计划在实际审核中确实存在某些不周密情况，需要调整时，经过审核双方同意后可以作必要的调整，但总的审核时间一般情况下不宜变更。
2、审核活动的控制
审核过程中，审核员应依据审核计划，按检查表预先策划的审核路线、方法实施审核活动，应注意控制审核进度及以下几个方面：
（1） 明确总体、合理抽样。
审核的最基本的方法是抽样，但抽样带有风险性，故需科学合理抽样。审核员在编制检查表时就应明确审核的对象和抽样的总体，并对拟抽取的样本进行策划。
在现场审核中，审核员应根据实际情况明确总体、随机抽样，确保抽取样本的合理性、代表性，以获得审核所需的审核证据。当有线索表明受审核方管理体系存在异常情况时，应追踪审核。
（2） 辨识关键过程注重有效性证据。
审核员应通过审核准备和查阅文件、观察和调查，并借助审核组内技术专家或专业审核员的指导，辨别影响体系运行有效性的关键岗位和主要问题，评定影响过程的主要因素。
在现场审核过程中，审核员应始终保持对审核信息的敏感性，关注过程控制的结果及过程的有效性，注重对有效性证据的收集。
（3） 注意相关影响。
审核过程中往往需要进行分组审核。通常每一位审核员所接触的只是受审核方管理体系、过程或产品的一部分，因此，每位审核员须注意各过程、活动之间的相互作用、影响、因果关系及共性问题等，对所收集的信息进行综合分析，应注意审核组内各小组之间的信息传递与沟通。
（4） 审核客观性控制。
由于行业和活动特点的不同，不同的组织、不同的产品类别对管理体系各项活动的控制方法是不一样的。审核组长应提醒审核组员时刻保持客观态度，不要把主观猜测和腌断作为审核证据。
在审核过程中，应以标准、适用的法律法规、管理体系文件化信息和其他要求等作为审核准则，避免以自己的想法和经验作为审核准则，将自己的想法强加给受审核方，主观武断和形式主义，保持审核的公正性和客观性。审核员应重视控制效果，避免主观武断、形式主义。
（5） 审核气氛的控制。
审核过程中营造良好的气氛十分重要。这是审核组全体成员的职责。
在审核过程中， 审核员应尊重受审核方，始终保持耐心和礼貌，不介入受审核方的内部矛盾，正确对待受审核方的各种态度，营造良好的审核气氛， 使审核在融洽、坦诚、和谐的氛围中进行，保持审核的客观性和公正性。
（6） 审核规范纪律的控制。
审核任务由审核组全体成员共同完成。审核组成员之间应具有团结协作的工作作风，及时交流和沟通，相互配合和支持，以顺利实现审核目标。
审核员在审核过程中应遵守行为准则规范，如守时、礼貌、公正、保密等。审核组长应时刻注意控制审核工作的进展情况，关注审核员的表现，一旦发现有违反审核纪律或不利于审核正常进行的言行应及时提醒改正，对审核中不应该出现的紧张气氛或过千潦草等情况，应及时采取适当的措施进行纠正。
3、审核结果的控制
审核应以可追溯的客观事实为基础，以审核准则为依据，应在规定的审核领域、范围内从事审核；
对所发现的不符合，应以客观事实作依据，并得到受审核方理解、确认；
审核组长对审核的全过程予以控制，对审核发现、审核结论应在审核组内部充分论，达成共识，作出公正、客观的结论。
