FSMS和HACCP体系主体过程分为文件审核、第一阶段审核、第二阶段审核、监督审核、换证审核和跟踪调查等过程，在实际审核过程中遇到企业方出现一些比较常见的问题，小编结合实际进行了列举，供大家参考。
01、基础设施及结构布局
首先，我们的厂区周边需要满足GB 14881食品生产通用卫生规范。
我们需要掌握一个原则，就是“防护有效”。
也许我们的厂区周边有一定影响食品安全的因素，但只要我们识别到了风险并做出相应防护，审核老师一般也会认可。
其次，我们要核查各功能区划分是否明显，是否存在交叉污染现象；
核查生活区与生产区是否保持规定的距离，或者采取了分隔措施；
观察绿化区是否与生产车间保持了适当的距离，绿化区内不要有垃圾和杂物。
厂房各功能区布局检查重点：
洁净区划分是否合理；
清洁作业区：灌装车间（商业无菌灌装除外）；
准清洁作业区：原料预处理车间、包材暂存间、杀菌车间、发酵室、冷却车间、其他加工车间；
一般作业区：收奶间、原料仓库、包装材料仓库、外包装车间及成品库；
各作业区的交叉污染：人流、气流、水流应从高洁净区流向低洁净区，物流反之。
现在很多企业为了使厂区看起来整洁，喜欢用“暗沟”代替“明沟”排水。但其实，明沟更有利于人员发现污物从而及时进行清洁。我们没有必要为了表面上的光鲜而削足适履。
各作业区空气质量控制：沉降菌，温湿度，空气的杀菌、消毒或净化，是否维持高洁净区向低洁净区的空气正压；是否有第三方机构出具的检测报告（验证依据）。
02、生产设施与设备
供水设施：水源及水系统
排水：流向、防虫
个人卫生设施：更衣室、卫生间、洗手消毒
通风与照明
设备的材质、安装、维护。
说到水源问题，以乳企为例：
许多牧场因为在较偏远地区，没有自来水供给，均采用井水。但大部分牧场都未对井水进行充分的净化处理，这些水也许不会直接加入乳制品中，但也是清洁用水，必然会影响食品接触面。因此我们不能以“不是原料”为由，而忽视了对水源的管理。
03、过程控制
原辅料的接受与储存，尤其是包材及配料——满足FIFO，FEFO；
生产过程中的清洁、加工的执行及记录，如：
—更换品种时浓缩、扫塔、粉仓应更换过滤袋、软连接；
—清场不彻底，未按既定要求频率进行清场；
CIP是一种很好的清洁方法，但很多企业由于生产需要，延后和降低CIP频率，这会增加食品安全风险。
—消毒液配置浓度不合规；
—生产过程管理制度执行存在问题，记录不准确，尤其是小料添加和质量控制点的操作
异物的管理：金属，玻璃等。
很多企业金属模块丢失，甚至自制了一个。这都是不被允许的。
04、检验与监控
执行情况、检验与监测频率、能力资质及文件记录，重点在于“数据分析”。
许多企业存在如下常见问题：
研究、防范生产过程中存在的风险因素的活动未实施或无法提供记录；
物料平衡表中未显示抽样数量、密封性检验数量、净含量检验数量、损失数量等信息；
无清场效果验证记录；
无准清洁作业区微生物监控记录；
未能按《细则》要求的日常监测频次对清洁作业区车间内的致病菌进行监测，且未对配料间进行监控；
未提供清洁作业区浮游菌、沉降菌和人员体表微生物检测的检验原始记录；
清洁作业区微生物最大允许数中浮游菌项目应每周检验一次，但企业未按该频率执行
……等等。
体系的监控
还是以乳企为例，奶源部如果只负责奶罐车鲜奶的检验及收获，在奶源自控上有欠缺，未定期对牧场进行内审，则也属于监控不到位；
此外，供应商审核管理制度不完善，企业的主要原料供应商现场审核制度缺少有关产品质量、审核频次的规定，则也视为监控不到位。
05、食品安全文化
“Food Safety Culture”这一概念最先由BRCGS提出，它是管理食品安全的最高层次手段。就像冰山模型，我们可以从文件要求上看到的，仅仅是冰山的上半部分，而下面隐藏着的，最为重要的的坚固力量，就是员工发自内心的是食品安全意识，也就是企业的食品安全文化。
它意味着员工会主动做正确的事情，在意的是没人看的时候员工做了什么。
“欺骗行为”如果总会发生，说明员工没有把自己公司的食品安全摆在正确的位置，他们可能认为这不是给自己吃的东西，所以并不在意。违反“食品安全文化”的事例可能包括：
同一人签名有多个版本，经核查，并不是同一人签名；
员工日常健康检查不严格，健康检查记录缺失；
产品包装标签更换后未备案
……等等
