脉冲场凝胶电泳是近年发展起来的分离效果较好的DNA分离方法，可以有效分离50kb甚至10Mb的DNA大片段。因此脉冲电泳仪已经成为DNA分离的主要仪器。脉冲电泳仪的使用条件对DNA分离速度与效果有很大影响，主要包括以下几点：
1.电泳缓冲液
在脉冲电泳时常使用的电泳缓冲液有三种，不同缓冲液的离子强度不同，电泳速度也不同。
2.琼脂糖种类及浓度
琼脂糖种类对脉冲场电泳虽然影响不是甚大,但也有一定程度影响。低电渗(EEO)的琼脂糖使电泳速度加快。有条件的情况下，使用超纯琼脂糖可产生较好的分离效果。凝胶的浓度太低，使泳动速度加快，不利于较小或中等长度DNA片段的分离。胶的浓度太大，则影响大分子DNA的分离。因此要根据具体情况，选用不同浓度的胶。在一-般情况下，常采用的凝胶浓度为1～1.4%。
3.电压
6～10伏特/cm的电压梯度常可使几十kb到1000kb的DNA片段得到有效分离。如果想分离更长的DNA片段，则应适当降低电压梯度。
4.变换电场方向的时间间隔
开关(即变换电场方向)的时间间隔对电泳效果影响较大。DNA在泳动过程中再定向所需的时间和DNA的大小呈正相关，因此较大的DNA分子需要较长的开关时间间隔。在确定了开关时间间隔的情况下，小于一定尺寸的DNA分子能够随着电场方向的变化再定向并在新电场影响下泳动，而大于一定尺寸的DNA分子在再定向尚未完成时便发生了开关的再次变化，因此不能泳动和得到有效分离。
5.温度
电泳时通过循环装置使缓冲液保持恒定是重要的。温度的高低对电泳速度也有重要影响。
