正确使用近红外光谱仪时保证测定结果准确性以及仪器性能稳定可靠、延长使用寿命的重要因素。因此操作人员需要掌握使用近红外光谱仪的注意事项，排除干扰，以获得准确的测定结果。下面就简单介绍一下近红外光谱仪使用时的几点注意事项：
1.如果近红外仪器不是每天都工作，每次开机时应自检仪器硬件是否工作正常，诊断的关键硬件部分为：光源、检测器、自动机械部件、电子电路部件、激光器和干涉仪(傅里叶变换仪器使用)，如果上述其中任何部分出现故障，在排除故障之前，仪器都不能使用。
2.硬件诊断完成都还要对影响测试结果的关键性能指标进行测试评价(也就是3Q测试中的PQ测试)，PQ测试的关键性能指标有信噪比、100%线、信号强度、波长准确度和吸收度重复性测试，在仪器硬件正常工作，关键性能指标达到要求后，才能进行样品测试分析，这样才能保证分析仪器的状态满足测试要求。
3.近红外光源、仪器内部的镜面，一定不能用手触摸，容易造成污染，手上的汗液会导致光源的玻璃烧裂，缩短寿命。
4.仪器内部的镜面一旦被污染，不可自行清洗和擦拭，极容易造成镜面损伤，需要由仪器厂商的专业工程师对其进行清洗。
5.仪器在工业现场或普通实验室，不可自行拆开仪器外壳，长时间暴露，容易造成粉尘污染光路。
6.近红外光导纤维的铺设不能与电缆线混合在同一桥架上，也不能像电缆一样在密封的管中拖曳穿线,应单独铺设于开放的桥架上的槽盒中。
