内部审核不同于外部审核，组织应按策划的时间间隔进行内部审核，时间间隔的策划应根据组织质量管理体系的实际进行考虑，并能适应组织质量管理体系有效运行的需要，如法规的要求、组织管理的要求、顾客和相关方的要求，并应考虑组织产品和服务形成及提供的实际情况。其审核程序应由组织按照审核的基本要求和自身特点制定。内审流程应简明可行，严格完整，闭环运转。审核步骤通常如下：
一、审核策划
按照内审程序规定，制定年度审核计划，管理者授权成立审核组，由审核组长制定专项审核活动计划，准备审核工作文件，通知审核。工作文件的准备主要是指审核所依据的标准和文件、现场审核记录、不合格报告等。标准和文件必须是有效版本，必须已在现场实施。它们主要有：
a） ISO 9001标准；
b）质量手册、程序文件、质量计划和记录；
c）合同要求；
d）社会要求（有关法律。法规和卫生、生态要求）；
e）有关质量标准（包括产品、设备材料环境、方法、人员等产品、资源性标准）。
检查表是审核员需准备的重要文件，应精心策划。
通知审核是审核组向受审方通知具体的审核日期、安排和要求，必要时受审核方应准备基本情况的介绍。
二、审核实施
以首次会议开始现场审核。审核员运用各种审核方法和技巧，收集审核证据，得出审核发现，进行分析判断，开具不合格项报告，并以末次会议结束现场审核。审核组长应实施审核的全过程控制。
三、审核报告
现场审核结束后，应提交审核报告。工作内容包括：审核报告的编制、批准、分发、归档、考核奖惩，纠正、预防和改进措施的提出，确认和分层分步实施的要求。
四、跟踪审核
应加强对审核后的区域、过程的实施及纠正情况进行跟踪，并在紧接着的下一次审核时，对措施的实施情况及效果进行复查评价，写入报告，实现审核闭环管理，以推动连续的质量改进。在任何组织中，从审核得到的真正益处最终均来自“自身”的审核。
