毛细管电泳仪的主要部件包括直流高压电源、毛细管、电极和电极槽、冲洗进样系统、检测系统和数据处理系统等。之前我们已经介绍了造成毛细管电泳仪电流不稳定、基线不稳定以及分离效率差的原因以及解决方法，但是在毛细管电泳仪的实际应用过程中，迁移时间重现性差和峰面积重现性差也是比较常见的故障。
四、迁移时间重现性差
1、样品吸附到毛细管壁
缓冲液导致的EOF变化(特别是磷酸盐和表面活性剂)或样品吸附，老化毛细管并要有足够的平衡时间，更换毛细管。
2、管壁电荷滞后
在高(或低)的PH条件下老化毛细管和使用低(或高)PH运行缓冲液引起，避免PH差异且要有足够的平衡时间。
3、缓冲液组分变化
(1)电解导致的PH变化，更新缓冲液。
(2)缓冲液挥发，扣紧缓冲液瓶盖和降低样品盘温度。
(3)再生溶液废液流进了出口缓冲液，使用单独的样品瓶收集废液。
(4)再生溶液遗留在缓中液瓶中，先将毛细管插入单独的缓)中液瓶或水瓶中。
4、缓冲液瓶液面不一致
生成层流，使缓冲液瓶液面一致。如果不更新缓冲液，就不要使用入口瓶冲洗毛细管。
5、不同批次毛细管的硅羟基含量不同
内壁电荷差异和EOF波动，测定EOF并归一化。
6、温度变化
粘度和EOF变化，使用可控温的毛细管的系统。
五、峰面积重现性差
1、样品记忆效应
外部进样，使用进样端平整光滑的毛细管除去毛细管端口外面的聚酰亚胺涂层
2、简单地将毛细管伸进样品中引起的零进样
外部进样，不能完全消除，增大进样量以消除该效应。
3、样品吸附到毛细管壁
峰形变差(拖尾)未洗脱样品，改变缓冲液的PH，增大缓冲液浓度使用添加剂比如纤维素或者涂层毛细管。
4、信噪比低
积分误差，优化积分参数，增大样品浓度，使用峰高。
5、毛细管环境的温度变化
粘度和进样量的变化，使用可控温的毛细管的系统。
