随着计算机技术的发展，计算机辅助药物设计的方法已经得到广泛应用，分子对接技术是其重要的组成部分。AutoDock是美国Scripps研究所Olson实验室开发与维护的一款分子对接模拟软件，主要应用于配体-蛋白质分子对接，用来预测生物大分子和小分子配体之间的相互作用的自动化程序。AutoDock优势在于通过快速的基于格点能量的计算方法和有效的扭转自由度搜索方法这两种方法，很好地平衡了精准计算与合理计算资源之间的矛盾，大大节省了科研人员耗费在晶体结构修饰的时间。
广东药科大学生命科学与生物制药学院的徐晓梅、王庆华*和广东药科大学药学院的温家颖利用AutoDock软件对20 种小分子单糖及其类似物与α-葡萄糖苷酶进行模拟对接，探索其作用的机理，通过合理药物设计的方法结合受体与配体的相互作用规律，进一步优化改造提取物质抑制剂分子结构，以期为获取更高效的α-葡萄糖苷酶抑制剂提供新思路。
1 对接方法的准确性验证
选取临床降血糖常用的α-葡萄糖苷酶抑制剂类药物阿卡波糖与α-葡萄糖苷酶进行对接，以验证AutoDock 4.2参数设置的准确性。将2QMJ结构活性中心所结合的ACR（即阿卡波糖分子）取出作为配体，与删去了此配体的2QMJ酶重新对接。结果显示对接结合自由能最低为-7.63 kcal/mol，其均方根偏差（RMSD）值为1.99，小于2。一般认为RMSD值小于2，即可保证小分子配体与受体进行有效对接。图1B为Acrbose1_1与2QMJ活性中心的对接结果，可见阿卡波糖已经成功地嵌入α-葡萄糖苷酶表面的活性中心中，说明本实验的参数设置合适，能较合理地模拟抑制剂与酶在活性中心的结合构象，对接方法可信。
2 20 种小分子单糖及其类似物的分子对接
以对接结合自由能（每种配体分子选择构象最低的结合自由能）为横坐标，抑制剂pIC50为纵坐标，考察20 种小分子单糖及类似物的对接结合自由能与pIC50关系，其回归方程为：y=-0.936 2x-3.923 7，r=0.738 9。从r值看，结合自由能和pIC50具有很紧密的相关性。上述结果显示由AutoDock4.2预测的结合自由能与实验测得的pIC50存在可以接受的相关性，从另一方面说明通过AutoDock 4.2的分子对接大致可以预测抑制剂对α-葡萄糖苷酶pIC50。
通过AutoDock和UCSF Chimera P软件分析20 种小分子配体与酶对接后的复合物和α-葡萄糖苷酶之间的氢键作用。发现酶活性中心点氨基酸残基中，Asp542、Asp443、His600、Asp327和Arg526最容易与小分子配体的H、O原子形成氢键作用，这些氨基酸残基在与小分子结合时发挥较为重要的作用，尤其以Asp542、Asp327和Asp443与小分子配体形成氢键的机会最大。此外范得华力和静电相互作用等非键相互作用在酶活性中心与小分子配体形成稳定的结合构象中也起了非常重要的作用。图2显示了1-脱氧野尻霉素和井冈霉按与α-葡萄糖苷酶活性中心氨基酸残基之间的相互作用。
3 假单糖分子的分子对接
在20 个小分子中，1-脱氧野尻霉素的对接结合自由能为-8.26 kcal/mol，井冈霉胺为-8.79 kcal/mol，大大低于其他化合物，说明两种化合物与酶的结合较为牢固，这与两者同属于强效α-葡萄糖苷酶抑制剂的性质一致。虽然其中的单糖分子结构与1-脱氧野尻霉素、井冈霉胺等结构相似，但这些单糖与后两者的对接结合自由能却相差很大，提示1-脱氧野尻霉素和井冈霉胺环上的N原子和C原子可能是影响对接结合自由能的重要因素。将其中的8 种单糖（葡萄糖、半乳糖、甘露糖、木糖、海藻糖、果糖、2-脱氧-D-葡萄糖和6-脱氧-D-葡萄糖）糖环上的O原子分别替换为N原子和C原子，构建新的假单糖化合物与酶进行对接，比较每种单糖与原子替换后的N假单糖和C假单糖的结合自由能。
单糖与N假单糖两组间对接结合自由能t检验结果：t=8.76×10-10，显示两组间结合自由能存在显着性差异，说明把单糖糖环上的O替换为N后，假单糖分子对接结合自由能减小，可见新构建的假糖分子比相应的单糖分子与酶的结合能力更强。单糖与C假单糖两组间对接结合自由能t检验结果：t=0.34，两组间无显着差异，说明把单糖糖环上的O原子替换为C原子后，假糖分子和单糖分子的对接结合自由能的差异无意义，单糖糖环上的O原子替换为C原子不影响单糖分子与受体的结合，同时也从另一个方面显示了N原子对此类结构的化合物与酶活性中心结合的重要性。
4 假井冈霉胺分子对接
对接结果中井冈霉胺的结合自由能是最小的，其结构与单糖分子亦相似，差别在于侧链有—NH2和杂环内的O原子。根据这一特点，用软件设计了5 种形式改造的假井冈霉胺分子，用AutoDock分别与α-葡萄糖苷酶进行对接。井冈霉胺结构如图3所示。
结果显示，化合物2、4中，不管在R1位还是R2位，只要引入N原子，对接结合自由能与井冈霉胺的结果基本一致；化合物1、3中，R1和R2位均无N原子，对接结合自由能较大，显示与酶的结合能力减弱；化合物5中，R1和R2位同时引入N原子，对接结合自由能明显变小，结合程度变得更牢固。上述结果提示，在类似的小分子结构中，N原子在与α-葡萄糖苷酶对接中起着非常重要的作用。含N原子的六元杂环结构的小分子带—NH2取代基后，能大大提高配体与受体的亲和力。
结 论
本研究中20 种小分子化合物对接结合自由能与其抑制实验中得到的pIC50数据基本呈负相关，说明小分子与酶对接结合自由能越小，抑制效果越好。从对接结果中还发现Asp542、Asp443、His600、Asp327和Arg526易与小分子配体的H、O形成氢键，其中显示Asp542和His600对酶活性最为重要。单糖分子改造后的结果显示是N原子的存在使得氢键更易产生，大大增强了配体与受体的结合和稳定程度。对井冈霉胺分子进行5 种形式改造后，当分子结构环内引入N原子或有NH2取代基时，对接结合自由能明显变小，结合程度变得更强。本研究所构建的假单糖或假井冈霉胺分子不一定存在，但研究结果显示N原子在α-葡萄糖苷酶抑制剂设计中具有很重要的意义，未来可以更多关注含N杂环结构的化合物，提取或合成此类具有更强活性的α-葡萄糖糖苷酶抑制剂。
本研究借助AutoDock软件对20 种小分子单糖及其类似物与α-葡萄糖苷酶进行模拟对接研究，探索其作用的机理，以便通过合理药物设计的方法结合受体与配体的相互作用规律，进一步优化改造提取的抑制剂分子结构，为更高效葡萄糖苷酶抑制剂的获取提供了新思路。
