目前常见的快速检测技术主要有：改良微生物法、分子生物学技术、自动化仪器分析技术等。
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改良微生物法
传统方法检测和鉴定微生物步骤繁琐、耗时长。而改良微生物培养法通过预处理缩短增菌时间，加入抑菌剂、指示剂等，简化检验步骤，从而实现快速检测的目的。
快速纸片法是将预先制备好的培养基系统和一种冷水可溶性的凝胶剂，以及根据不同检测项目所添加的指示剂，通常只需24-48 h即可得出结果。纸片法已成功用于大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、单核细胞增生李斯特菌等的检测。
显色培养基法是通过特异性显色反应来进行微生物检测和鉴定的一种方法。其基本原理是根据微生物本身具有复杂多样的酶系统，在分离培养基中加入人工合成的无色底物，在微生物细胞中存在的特异性酶作用下游离出产色基团并产生荧光或显示出特定颜色，然后通过对产生的荧光和菌落直接生成的颜色来对该菌株进行鉴定。其反应灵敏快速、特异性强。目前克罗诺杆菌（阪崎肠杆菌）、沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、弧菌等显色培养基都已面世并投入实际应用。
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分子生物学技术
PCR技术是根据已知待扩增的DNA片段序列，人工合成与该DNA两条链末端互补的两段寡核苷酸引物，在体外将待检测的DNA序列(模板)在酶促作用下进行扩增。
PCR技术具有特异性强、灵敏度高、速度快、简便、高效的特点，对食源性致病菌如沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特菌等都能进行检测。
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自动化仪器分析技术
全自动微生物鉴定系统是计算机技术与微生物检测技术的结合体。它是将微生物数码鉴定的方法与计算机技术结合起来，通过系统对生化反应自动判定，组成数码并与数据库中的已知分类单位相比较，获得相似系统鉴定值而获得结果。如VITEK2 Compact，商业化的卡板集合了40多种生化反应，可实现检测过程的标准化和节省大量的人工成本。VITEK2 Compact鉴定速度快，一般3-4h可出鉴定结果，已成为实验室微生物鉴定的常用手段。
全自动微生物质谱检测系统是依据核糖体蛋白进行微生物鉴定，将新鲜培养的微生物菌落涂在靶板上并与基质形成共结晶体，放入基质辅助激光电离解析飞行时间质谱内，经离子化按照质量/电荷比值大小分离，将采集的数据与微生物指纹图谱库对照鉴定。如VITEK MS，该系统采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术并配备微生物数据库，用于微生物包括普通细菌、厌氧菌、苛养菌、酵母、丝状真菌、分枝杆菌、支原体等的快速鉴定，可在数分钟内给出鉴定结果。
总之，传统微生物检测法是微生物检测的“金标准”。对于检验工作来说，需要根据实际情况选择合适的微生物鉴定方法。同时，为了更加快速准确地确认病原微生物可能需要结合几种鉴定方法。例如可根据PCR技术进行快速检测初筛结果，再结合传统微生物法的培养分离进行准确的鉴定。
简便、快速、准确、灵敏是微生物检测技术的发展目标，更是检验工作者努力的方向。
