*qPCR-HRM可以成功地识别插入或缺失、杂合子或纯合子基因型,甚至是单碱基插入或缺失。
*qPCR-HRM法对定量评估基因编辑效率非常敏感。
*qPCR-HRM法重复性好、准确度高,能够快速筛选和鉴定基因编辑产物插入/缺失突变。
基因编辑技术,如TALEN和CRISPR/Cas9等,已在许多研究领域中广泛用于靶DNA编辑。然而,如何快速、高效、低成本地筛选和鉴定出预期的基因编辑产品仍是一项艰巨的任务。
上海交通大学生命科学技术学院代谢与发育科学国际合作联合实验室的Rong Li、Yan Ba、Yu Song等人研究了一种将定量PCR和高分辨率熔解分析(quantitative PCR with high-resolution melting analysis 、qPCR-HRM)相结合的方法,用于筛选和鉴定CRISPR/Cas9编辑的水稻植株。
结果表明,经基因编辑的水稻植株,其小目标DNA 插入/缺失甚至单碱基对插入/缺失均能成功鉴定。qPCR-HRM方法灵敏度可达1%,可用于基因编辑效率的定量评估。Sanger测序结果证实qPCR-HRM方法也具有较高的准确性。结果表明,所建立的qPCR-HRM方法重复性好、准确度高,可用于水稻基因编辑植株的快速筛选和鉴定。