1.在仪器控制菜单中，单击“视图”菜单，选择“真空控制”，进入诊断与真空控制界面。
2.在真空菜单中选择“放空”，工作站将柱温设为30，关闭辅助加热。该过程大约需要40分钟。
3.等待放空结束，退出工作站，关闭计算机。
4.分别关闭气相、质谱电源。
5.关闭载气He。
仪器涉及的密闭性问题
气质联用仪是一个气体运行的系统，因而仪器的密封性相当重要。
1.换柱：毛细管柱进入质谱腔中的长度不适当，太长或太短都不行。
2.垫圈要松紧合适，太松会有漏气的隐患，太紧则会压碎垫圈，每次更换色谱柱时需要更换新的密封垫圈。
3.清洗离子源时打开腔体后要注意其密封性。
离子源和预杆的清洗
1.清洗前先准备好相关的工具及试剂，然后打开机箱，小心地拔开与离子源连接的电缆，拧松螺丝，取下离子源。取预杆之前先取下主四极杆，竖放在无尘纸上，再取下预杆待洗。注意整个操作过程一要小心谨慎，二要避免灰尘进入腔体。
2.将离子源各组件分离，在离子源的所有组件中，灯丝、线路板和黑色陶瓷圈是不能清洗的。而离子盒及其支架、三个透镜、不锈钢加热块以及预杆需要用氧化铝擦洗，将600目的氧化铝粉用甘油或去离子水调成糊状，用棉签蘸着擦洗，重点擦洗上述组件的内表面，即离子的通道。
3.氧化铝擦洗完毕后，用水冲净，然后分别用去离子水、甲醇、丙酮浸泡，超声清洗，待干后组合好离子源，先安装好预杆、四极杆，再小心装回离子源，盖好机箱，清洗完毕。
