虽然原子吸收光谱因为分析使用的时共振吸收线，吸收线的数量比发射线少很多，因此谱线相互重叠造成的干扰少，但依然存在其他较多的干扰因素，如光散射、分子吸收、电离干扰以及化学干扰等。因此在分析时采用合适的方法消除干扰是一个重要的环节。
光谱干扰与消除方法
1.与光源有关的光谱干扰
若分析线与待测元素谱线相邻，可以减少狭缝宽度以改善这种影响。若与非待测元素谱线相邻，则应更换具有合适惰性气体且纯度高的单元素灯。
2.光谱线重叠干扰
选用测试元素的其它分析谱线避开重叠。
3.与原子化器有关的干扰(背景吸收)
背景吸收即分子吸收，来自气态分子对光的吸收以及高浓度盐的固体微粒对光的散射。现在大部分原子吸收光谱仪具有氘灯背景自动校正功能，可通过微机自动完成。
物理干扰与消除
试样在转移、蒸发过程中会出现因物理因素变化引起的干扰。物理干扰通常是非选择性的，对试样中各元素的影响相似。
对基体干扰来说，需要配制与待测定试样具有相似组成的标准溶液消除干扰。若待测元素含量较高，也可简单稀释溶液以减少干扰。
化学干扰与消除
化学干扰是原子吸收的主要干扰来源，当待测元素与其他组分发生化学作用就会产生化学干扰。常见的方法有一下几种。
1.由于生成难熔、难解离化合物产生的干扰可以通过改变火焰温度和种类来消除。
2.加入缓冲剂，使试样中的干扰成分过量，从而可使干扰趋于稳定状态。
3.加入络合剂，与待测元素生成稳定的络合物，避免待测元素与其它成分反应。
4.加入释放剂，与干扰元素生成更稳定更难解离的化合物，排除干扰元素对待测元素的影响。
