酱腌菜主要由碳水化合物和水组成，且含水量较高，容易受到微生物的入侵。酱腌菜在加工过程中发生的各种变化以及成品的败坏主要原因是由于微生物的污染。而引起酱腌菜变质的微生物主要是霉菌、酵母和少量细菌。
霉菌具有耐酸、耐高渗透压的特性。因此，该菌引起罐藏食品变质，常见于酸度较高（ph＜4.5）的酱腌菜罐头中。但霉菌多为好氧菌，且一般不耐热，若产品中有霉菌出现，说明罐头真空度不够、漏气或杀菌不充分而导致了霉菌残存，例如青霉属、曲霉属等。但也有少数几种霉菌耐热，如纯黄丝衣霉菌属和雪白丝衣霉菌属等较耐热、耐低氧，可引起酱腌菜罐头发酵，产生二氧化碳而涨袋。酵母菌中的球拟酵母、假丝酵母属、啤酒酵母属等皆可引起真空包装酱腌菜发酵产生二氧化碳，造成腐败涨袋。细菌，如链球菌、粪链球菌和嗜热链球菌能分解糖类产酸，并不产生气体。
GB2760中规定的酱腌菜适用的所有防腐剂：
化学防腐剂：苯甲酸及其钠盐、山梨酸及其钾盐，脱氢乙酸及其钠盐。
生物防腐剂：乳酸链球菌素，ε -聚赖氨 。
应用栅栏原理，选用较为安全的生物防腐剂可有效解决酱腌菜的保质期和安全问题。
