首先实验室应制定菌种管理制度。内容包括菌种申购、保管、领用、使用、传代、存储等方面的内容，标准菌种申购应由专人申购，保管由专人双人双锁管理，领用及使用应填写记录，使用时应对菌种进行纯度及生化特性进行菌种核查验证并记录，存储应有专门的冰箱、超低温冰箱进行存储，使用完的菌株应按要求销毁处理。
第二实验室根据需求购买相应的标准菌株。购买标准菌株应从有资质的机构进行购买（本实验室是从中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)购买），到货的标准菌株应包括菌种证明，后面附有菌种质控报告。收到菌种时应仔细阅读菌种证明，核实到货的菌种与申购的是否一致，包装是否完整，注意保存条件及有效期，并将菌种放置相应的条件下进行储存（一般在活化前储存于4℃冰箱中）。核实后及时填写菌种清单，菌种清单应包括菌种名称、菌种编号、到货日期、储存条件、购买数量、领用日期、领用人、销毁日期等。
第三实验室可以用菌种传代图对菌种活化、保藏、传代、使用、销毁进行记录（也可以设定相应的表格记录）。菌种传代图记录简洁清晰，记录内容包括菌种名称、菌种编号、到货日期、菌种完整性、菌种活化日期、活化方法（主要包括活化使用的培养基及培养温度）、活化数量、保藏条件，保存数量、领用人、传代日期、传代数量、菌种用途、销毁日期等。菌种在活化后及每次使用时都应对菌株纯度、菌落形态（在选择培养基上的典型菌落）、生化特性（如氧化酶试验、三糖铁试验等）、表型分析（用VITEK 鉴定）进行核查并记录，以保证菌种使用的有效性。
菌种保藏方法可依据标准SN/T2660-2010《食品微生物实验室菌种保藏方法》进行保存。建议实验室购买-80℃超低温冰箱，选择甘油保存法，甘油保存方法操作方便，保存时间较长。菌株使用过程中应在生物安全柜中进行，遵循无菌操作以防菌种污染。使用完的菌种应按生物安全要求，在121℃高压灭菌30min，并做好菌种销毁记录。
