电子记录真的能够长期保存？
电子记录常会这样攻击纸质记录，发霉，变潮，火灾，电子记录在长期保存方面就真的没有问题了吗？在制药行业，实验记录涉及专利和药物申报，往往需要保存数十年，我们能确保N年之后这些数据能够正确地读取吗。如果你拿出一张10年前的软盘告诉我你的数据在里面，不说这张软盘是否已经损坏，能找到软驱估计也是件十分困难的事。计算机行业的发展按照摩尔定律演进，计算机的性能每隔18个月就要翻一番,相关存储设备也不断得到升级，现有的操作系统，存储设备在未来肯定会不断被淘汰，各种现有的数据保存文件格式很可能也会发生变化，所以在采用现有系统的特殊数据格式的同时，最后也保存一份通用标准化的格式文件（例如PDF）。如果标准格式文件也发生了变化，那我们就必须做好数据转换的准备。
2
信息分享的弊端
电子化的实验记录意味着实验记录的可检索性和可利用度得到极大的提高，实验记录可以在可控的范围内得到检索和重复利用是一件十分令人高兴的事。我们可以推断重复无用的实验次数得到减少，项目的承接更加简便，但我们也许会想到同样一份实验记录，记录人和查阅人会不会得出不一样的结论呢。特别是在缺乏明确的实验结论而且查阅人对这些数据并不熟悉的情况下，会不会引起误解或者是误导，如果记录人还在职，直接的沟通还能澄清这些问题，如果记录人已经离职了，发现的问题又能去找谁。上面这个问题必然会发生，也许我们能做的就是加强实验记录的注释和对实验结果做出完整的说明。
3
系统整合提高效率的同时也会提高风险
电子实验记录与其他信息系统整合后能大大提高自动化的程度，带来用户体验度的提升，但系统间的整合也同时提高了系统之间的相互依赖性，一个系统的配置修改和升级很可能导致相关联系统在数据对接上出现问题，我们将不得不花费更多的精力去测试这些系统的变更对流程的影响。
4
合规性问题
实验室信息系统除了满足用户的功能性需求，还要满足法规监管的需要。如果电子实验记录系统应用在GxP环境中，其必须要进行计算机系统的验证与确认，如果应用在Non-GXP环境中，虽然验证与确认的工作是可选的，但其仍然是证明系统所保存电子记录真实性和可信度的重要方式，同时利于专利相关事务。
5
软件实施完就算成功了吗
电子实验记录软件的应用将会极大地改变实验室人员的工作方式和工作习惯。软件开发实施完毕只能认为成功了一半，还需要研究人员改变观念和适应新的工作方式。我们常常会发现有一部分人认为自己撰写的实验记录属于个人私产，这会导致他们对电子记录的疑惑与不满，但在一个企业中，这种观念是错误的，正常工作范围内的实验记录都属于单位的知识财富。千万不要小看了工作方式改变所带来的影响，这在系统运行期间将会带来很大的阻力，甚至会导致项目的失败。
