致病菌更准确的英文翻译为pathogenic microorganism，包含任何能够伤害其宿主的微生物。脱离了受伤害的宿主谈致病菌就不是很合适了，致病菌存在需要两个条件：1. 宿主够衰2.微生物够毒。同样一种微生物在面对不同“免疫强度”的宿主时，结果就完全不一样，这也就是所谓条件致病菌。而且一旦任何微生物突破血液免疫屏障顺利繁殖，那无论这种微生物的名称是多么“人畜无害”都是致病菌。在人类与疾病斗争的进化历程中，很多微生物都是伴随着重大传染疾病被发现的，所以在当初被命名时就具备了疾病的特性。比如痢疾杆菌，霍乱弧菌、炭疽杆菌、鼻疽杆菌、结核菌、布氏杆菌、猪丹毒杆菌等。由于这些微生物的“毒性”足够突破健康人类现有的免疫屏障，它们就直接可以归为致病菌。
但是，对于微生物的研究是不断发展的，很多最新的研究很可能会颠覆我们之前对这些致病菌的理解。幽门螺杆菌在之前的研究一直被认为是与胃溃疡甚至胃癌直接相关的致病微生物，那就应该属于致病菌的序列了。但是，随着现代研究的深入，发现没有携带幽门螺旋杆菌的人患有胃食管反流病（GERD）的概率反而比带有细菌者更高，而且足足高出8倍。幽门螺旋杆菌还和哮喘之间确实存在负相关，且携带cagA阳性菌株确实造成哮喘发病率偏低了40%。也就是说一种微生物与一种疾病的关系其实并没有我们想象的那么简单。而且现在最热的肠道微生物种群与人类免疫系统的关系研究越来越深入，很可能以后就会诞生“致病菌群”的概念了。
再回到控制菌检查。药品是特殊的商品，有病才会吃（或用）药。从致病菌的角度来说，就是宿主是比较弱的。药典中基础控制菌的检测就是基于这个风险前提的，当然如果是一类特殊病人的用药，那这类病人面对的可能致病菌就会更多，从风险控制的角度来说，控制菌应该检测更多类型。
