洁净区，并不是没有细菌，而是细菌的数量非常少，在我们的洁净操作台里，并不是真正一个细菌都没有的，所以在操作的时候还是要尽量利索迅速地完成操作。尽量减少进入培养体系细菌的数量。 所以处理细菌污染的重要原则就是：无限地稀释细菌的浓度，无限地减少细菌的数量！对于细菌污染（常见为金黄色葡萄球菌和大肠杆菌）；
污染处理流程：
1、将污染的培养液倒掉，转烧瓶口，加入10 mlPBS，适当晃动清洗培养瓶，然后倒掉。转烧瓶口。
2、继续加入10mlPBS，同样方法晃动，清洗培养瓶，然后倒掉。
3、继续加入5mlPBS，同样方法洗瓶，主要是培养面，然后倒掉。
4、重复步骤3再洗。
5、重复步骤3再洗。
6、加入3-5ml双抗，洗瓶，静置3-5分钟，然后吸出。
7、加入3ml双抗，洗瓶，静置3-5分钟，然后吸出。
8、再加入5mlPBS洗瓶，然后吸出。
9、加入10ml培养液，加入2ml双抗，放置培养箱培养，5小时之后，倒掉培养基，加入PBS洗瓶两次，然后加入胰酶消化，吹打后置于离心机800-1000r/min离心，然后洗一次。置于新的培养瓶里培养，培养体系加入2ml双抗。
10、24h之后，视情况换液，若仍然污染严重，培养基浑浊，重复以上步骤，若看不到污染物，则继续步骤1)、3）、4）、6）、8），然后加入培养液培养，培养体系加入2ml双抗。
11、24h之后，若仍污染严重，可再重复一次，若还污染只能弃之（不过一般没有出现这种情况），若镜下不见污染物，则换液PBS洗瓶，正常培养。若为霉菌或者真菌污染：加入两性霉素B清洗和培养，终浓度一般为2.5μg/ml（在30μg/ml时会有细胞毒性）。另外也可以选择在培养基里加3ug/ml的制霉菌素或放线菌素D。 其它操作同；
若为支原体污染有几种支原体清除剂，
1.BM-Cyclin（就是泰妙菌素+米诺环素）
2.环丙沙星，这也是一种支原体较为敏感的抗生素。
3.MRA，这个是商业化的支原体去除剂（Mycoplasma Removal Agent）是喹诺酮族抗生素的衍生物。
