菌种保藏的目的是使菌种长期保存之后，仍然保持着原有的生命力、优良生产性能、形态特征以及不污染杂菌和不发生虫害（虫害在食品行业比较常提到）。
菌种保藏的原理：通过低温、干燥、隔绝空气（真空）和断绝营养等手段，以达到最大限度地降低菌种的代谢强度，抑制菌丝的生长繁殖。保藏过程中，菌种的代谢相对静止，生活活动将处休眠状态，所以能够保藏较长时间。
传统菌种保藏法包括以下几种，并简单列举了其特点及注意事项：
| 菌种保藏法 | 举例 | 特点 | 注意事项 |
| 斜面低温保藏 | 试管斜面保藏法 | 优点：简单易行，使用广泛。 | 1.避免多次开启冰箱门，控制相对湿度避免过高或过低，防止发生因冷凝水而发生污染。 |
| 缺点：贮藏时间短，需经常传代培养。 | 2.贮藏时间依菌种不同而不同。 | ||
| 液体石蜡保藏 | 液体石蜡保藏 | 优点：操作简单 | 1.石蜡应事先灭菌后使用。 |
| 缺点：使用前传代由于沾染石蜡，菌种生长慢而弱 | 2.灭菌后应在40℃下放置3天左右后使用，使灭菌进入石蜡的水分得到蒸发。 | ||
| 悬浮保藏 | 生理盐水保藏法、蒸馏水保藏法、营养液保藏法，甘油管保藏法 | 优点：操作简便 | 1.过程中使用器具应注意灭菌。 |
| 缺点：广泛性差，仅部分特殊菌种适用该法。（多为真菌） | 2.操作规程中应关注污染 | ||
| 载体保藏 | 沙土管保藏法，孢子滤纸保藏法，磁珠菌种保藏法 | 优点：应用广泛、效果好 | 1.沙土中金属杂质应去除干净。 |
| 缺点：部分方法较繁。（滤纸片生物指示剂应用该方法） | 2.应注意干燥除湿 | ||
| 天然基质保藏 | 麦粒，枝条，木屑 | 优点：专属性强 | 多用于食品、农牧业 |
| 缺点：方法叫繁。 | |||
| 真空干燥保藏 | 真空干燥保藏法 | 优点：应有最广泛，效果好。 | 1.冷冻干燥前要将孢子液预冻1h左右，放置抽气初期产生大量泡沫。 |
| 缺点：设备操作都较为复杂 | 2.关注抽真空时间，防止过程中菌块解冻 | ||
| 3.熔封安瓿瓶不宜火焰过大。 | |||
| 液态氮超低温保藏 | 液态氮超低温保藏 | 优点：保藏时间可长达数年至数十年，适用范围广泛（生产企业常用于工作种子的保藏）。 | 1.安瓿瓶应选用适应温度突变的材质。 |
| 缺点：设备要求较高 | 2.操作过程中注意防止液氮溅出冻伤皮肤。 |
