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云南干巴菌子内培养微生物的材料与方法

放大字体  缩小字体 发布日期:2018-08-08
核心提示:云南干巴菌子内培养微生物的材料与方法
   1 材料与方法
 
  1.1 实验材料
 
  2015年9月,分别于云南省昆明市嵩明县阿子营村(T1?T4)和楚雄彝族自治州禄丰县(T5?T8)随机采集新鲜干巴菌子实体共8个。
 
  1.2 培养基、主要试剂和仪器
 
  细菌菌株分离与培养使用胰蛋白胨大豆琼脂培养基(TSA),真菌菌株分离与培养使用马丁培养基,各培养基配方参照《微生物学实验》。上述培养基于1×105Pa灭菌30min后备用。溶菌酶、引物,生工生物工程(上海)股份有限公司;Taq酶,大连宝生物工程有限公司;无机试剂,昆明仁科商贸有限公司。高通量组织研磨器,宁波新芝生物科技股份有限公司;PCR仪,杭州博日科技有限公司。
 
  1.3 干巴菌子实体内微生物的分离与培养
 
  选择新鲜、幼嫩、无扇状分支或少分支的干巴菌子实体,清除表面泥土和松针,用75%的酒精表面消毒。在超净台中徒手掰开子实体,用无菌手术刀切取0.5g 的菌肉放入装有4.5mL 灭菌生理液(0.85%氯化钠)的离心管中,用高通量组织研磨器(60Hz,1 800r/min)将菌肉破碎至无成型组织块,并将组织液于37 °C、120r/min 培养30min。超净台内将组织液分别稀释至 10?2?10?6g/mL。吸取50μL10?4、10?5、10?6g/mL 浓度的组织液分别均匀涂于 TSA 培养基上,每个浓度3个重复,并于28°C进行培养。10?2、10?3、10?4g/mL 浓度的组织液涂于马丁培养基上,每个浓度3个重复,并于26°C下进行培养。2?7d后,对不同培养基内的微生物进行单菌落计数,将单菌落挑取接种至装有液体TSA培养基和马丁培养基的离心管中进行培养。
 
  1.4 可培养微生物的分子鉴定
 
  1.4.1 细菌DNA提取与扩增
 
  5000 r/min 离心10min,弃上清液,加入TESbuffer (20mmol/LTris,50mmol/LEDTA,150mmol/LNaCl,pH7.9),13000r/min 离心2min;再加入1.2mL TES buffer重悬;加入300μL溶菌酶(5mg/mL)裂解细胞,并将其置于37 °C 下60 min。16S rRNA基因扩增引物为63f (5′-CAGGCCTAACACATGCAAGTC-3′)和 1495r (5′-CTACGGCTACCTTGTTACGA-3′);25μL PCR 体系:DNA1 μL,正、反向引物(5μmol/L)各1 μL,10×Buffer (Mg2+ free) 2 μL,dNTPs (10 μmol/L) 1 μL,BSA (1%) 0.5 μL,MgCl2(25 mmol/L) 1.5 μL,5 U/μL Taq 酶 0.3 μL,ddH2O16.7 μL。PCR 反应条件:95 °C 5 min;94 °C 1 min,60 °C 1 min,72 °C 1 min,27 个循环;72 °C 10 min。
 
  1.4.2 真菌DNA 提取与扩增
 
  CTAB法提取真菌DNA。扩增引物为ITS1F(5′-GGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′)和ITS4(5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′)。25μLPCR 反应体系:DNA1μL,正、反向引物(5 μmol/L)各1μL,10×Buffer (Mg 2+)2.5μL,dNTPs(10μmol/L)1.5μL,BSA (1%)1μL,MgCl2(25 mmol/L)0.5μL,Taq 酶(5 U/μL) 0.3 μL,ddH2O16.2μL。PCR 条件:95 °C5min;94 °C1min,50 °C 1min,72 °C1min,35个循环;72 °C10min。
 
  1.5 数据分析
 
  使用BLAST对获得的序列与GenBank中的序列进行比对,相似度大于98%的作为一个OTU。使用ContigExpress 拼接与编辑序列,在BioEditv7.0.9 中进行比对和自动排序,排好的序列用MEGA 6.0中的Neighbor-Joining 构建系统发育树。干巴菌8个子实体内微生物群落数量用SPSS13.0 进行独立样本t 检验(t-test)。
 
 
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