首先，我们先来了解下微生物污染食品的途径。食品生产过程中微生物污染途径大致分为直接途径和间接途径这两种，它们具体指的是：
污染的直接途径
食品原料，水等直接投入物料（所携带的微生物）。
机械设备、工器具、包材表面等与物料直接接触。
操作人员的手部或其他部位与食品的接触。
污染的间接途径
机器运行产生的灰尘。
人流物流活动将加工环境中微生物传播到加工环境中。
虫害在运动过程中带入到原料、水、空气中的微生物。
在对污染途径有了一定了解后，我们再来说下找出污染源的这个过程。大致可将过程分为以下几步：
1、根据生产工艺及产品走向将整条生产线分成几段。
2、在每段选取一个取样点。
3、在每个取样点取样并进行检测。
4、将所有取样点的检测结果按产品工艺生产线顺序绘制列表。
5、对第4项列表结果进行分析，得出哪个阶段出现异常。
6、运用鱼骨头等问题分析方法对异常生产段进行分析，找出真正异常原因。
7、针对真正原因采取有效措施，避免再次发生异常。
一些值得注意的事项
1根据微生物特性进行分析
通过对分段样品点检测获得异常点后，我们需适当根据微生物污染的种类进行分析以缩小范围。
当细菌总数不正常时，我们可以根据细菌的特性，如在水、营养、空气和合适的温度下，细菌就会生长，菌落总数就会增加。因此一些不容易清洗干净的地方，例如管道死角，就是需要重点关注的区域。
而对于大肠菌群，大肠菌为兼性厌氧菌，最适生长温度为30 ℃~37 ℃，在肠道粪便、土壤、被污染的水和植物上都能发现大肠菌。食品大肠菌可作为常规细菌质量控制的卫生指标，当巴氏杀菌后在管道内发现大肠菌，这意味着有可能是二次污染，即常规清洗和消毒方法需要改善。此外，我们还需要关注水资源是否被人畜粪便所污染，员工是否按照卫生规定便后洗手等。
同样的，当霉菌等微生物异常时，阴暗潮湿的角落就将成为是我们的关注重点。
2根据工艺特性分析
食品生产过程中常常有搅拌，加热，冷却等步骤。在分析异常时，可以将食品生产过程适当分为热处理步骤、常温步骤等。
在生产整个阶段，常温步骤较容易引起微生物生长繁殖，在此阶段的产品，不宜在常温阶段存留时间过长，否则容易引起微生物繁殖，导致控制困难。因此，在进行分析时， 常温阶段的步骤是分析的重点。
而对于加热的步骤，一般有使微生物减少的作用，且加热步骤通常放置在整个生产工艺的末尾，起到杀菌作用，在人员按作业指导书进行操作的前提下，不大可能会成为微生物污染的关键点。
3日常监测的重要性
在生产过程中建立合适的监测点是日常生产质量控制的一种方法，这也是在线质量控制的要求，因此认真策划选取生产流程上的监测点是十分重要的，选取的点既要能代表生产线生产步骤的关键控制点，使之能达到质量控制的目的，又要考虑品控人员的工作量，使之能成为有效的日常在线监控手段。
