常规处理：硅胶、氧化铝、极性键合相色谱柱每一次用完后用低流速长时间的二氯甲烷或正己烷等溶剂冲洗；键合相硅胶色谱柱、离子交换色谱柱和凝胶色谱柱先用蒸馏水冲洗，再用甲醇冲洗，然后用甲醇与蒸馏水以一定比例混合的溶液冲洗后过夜。
对于已使用一段时间后柱效下降的色谱柱可按以下方法进行再生。再生处理包括活化（右→左）和净化（左→右）两种。
硅胶、氧化铝、极性键合相色谱柱按下列顺序冲洗：三甲基戊烷或己烷——三氯乙烷——乙酸乙脂——丙酮——乙醇——水。
键合相硅胶柱：蒸馏水——甲醇（冲洗 过程中可加入少量二甲基甲酰胺）。
离子交换树脂柱：高浓度的NaCl溶液（1-2molL的NaCl溶液）可使大部分树脂再生，油脂等少数与树脂紧密结合 的物质可用低浓度碱溶液（如0.1molL的NaOH溶液）冲洗，酸性有机物吸附在固定相的用低pH缓冲液冲洗，碱性有机物用高pH缓冲液冲洗，然后再用 蒸馏水——甲醇——二氯甲烷——甲醇——蒸馏水冲洗。
凝胶色谱柱：由于凝胶色谱柱是根据被分离物质的分子量大小而分离物质，通常用稀的氢氧化钠或非离子型 去垢剂（0.2%-1%NP-40或Lubrol）冲洗可除去大部分的结合物质，如果一些污染物仍然不能清除时，用24%或30%乙腈冲洗过夜可除去疏水 蛋白，用30%-50%乙酸可除去亲水蛋白，用蛋白水解酶处理可分解凝胶中剩余的痕量胃蛋白酶，然后再用蒸馏水——甲醇——蒸馏水冲洗。
已污染的色谱柱的处理：因保留强的物质污染，流动相或样品中不溶物沉积于柱头，可用下列方法洗涤：去除脂类可用四氢呋喃、乙腈或甲醇洗涤；去除蛋白质可用 乙腈、丙醇和1%三氯乙酸进行梯度洗脱；一些高疏水性化合物可用乙腈或甲醇洗脱，同时反复注入100-200ml的四氢呋喃。
柱头处理：对于柱头堵塞污染严重的情况而且用溶剂冲洗无效的色谱柱,只有打开柱子去除柱顶的填料重装：先拆下不锈钢烧结过滤器，检查柱床，常见凹陷或受污 染的带色填料，剔去不规则床层和带色填料，使柱床显白色并完全水平，再用甲醇作糊状填料匀浆液，将糊状填料匀浆液滴在柱上靠重力从匀浆液中排出甲醇液，重 复直到填料水平。
柱子的贮存：首先柱子必须清洗干净后才能贮存，柱子不能贮存在水或水性溶剂中，否则会引起微生物的滋生。极性色谱柱可用适当溶剂如二氯甲烷冲洗；键合相色 谱柱用甲醇冲洗；阴离子交换色谱柱用0.002%洗必泰的缓冲液冲洗，阳离子交换色谱柱用0.005%硫柳汞缓冲液冲洗；凝胶色谱柱用缓冲液中加 0.02%叠氮化钠或用20%乙醇冲洗。再将柱子两头密封,以防止溶剂蒸发使柱子干燥而引起柱子结构的几何学改变。
