检疫实验室的设计，必须符合安全的要求。在从事高危险性病原微生物工作的实验室，建筑周围应有宽60cm、深60cm的防鼠沟，实验室建筑内不能有野生啮齿动物窜入。实验动物房必须严防动物逃逸，要求门窗严密，动物笼和实验室动物房门均需扣死或加锁，特别对于禽类和猴类实验动物尤其应有完善的防护措施。实验动物房内还需设有可靠的排气消毒设施、高压灭菌装置和独立的污水处理系统和专门的动物焚尸炉，处理动物尸体及强毒实验室内的一切垃圾。
无菌室是无菌实验操作室，应设置在最里面，防止空气流动引起污染。除设置无菌室外，也可利用洁净工作台和无菌操作箱进行无菌操作。
无菌操作室包括操作间、缓冲室和更衣间。操作室不宜过大或过小，缓冲室主要目的是保护操作室的无菌环境，避免因空气对流使外界空气直接进入操作室。同时，还可以放置恒温培养箱和离心机等实验仪器，使实验在相对无菌条件下完成，而不必携出室外。更衣间主要是隔离衣的着装处。作强毒检疫的实验应设置淋浴设施，进出都要淋浴，以保证安全。无菌操作室内密闭不透风，温湿度和二氧化碳浓度较高，易滋生细菌，而且损害工作人员的身体健康，应装置过滤空气的恒温恒湿调节器。
设计无菌操作室时应注意以下几点：
1.为防止室内温度增高，要选择阳光不能直接照射到的位置，最好设在阴面。
2.天花板高度不要超过2m，以保证紫外线灯的有效消毒效果。
3.室内要防止空气流动，宜安装横拉门和双层密闭毛玻璃窗。
4.天花板、地板和四周墙壁要光滑无死角，宜镶瓷砖或涂油漆，以便于清洁和消毒。
5.恒温恒湿调节器应采用空气室内回流和补充少量滤过新空气系统。
目前普遍采用洁净工作台代替无菌操作室。洁净工作台具有使用方便、占据空间少、清理消毒方便等优点。洁净工作种类很多，有平行气流和垂直气流，有整机和组合式，有单人和双人操作之分。洁净工作台工作原理是利用鼓风机，使经高效过滤的空气徐徐通过台面形成无菌的正气压，使外周有菌的空气不易流入洁净台，达到操作区无菌的目的。因此，在使用时，周围不能有较大的气流，最好洁净台放置在清洁无尘的房间，防止灰尘堵塞滤器，延长使用时间。
从事水生动物检疫的实验室，除应符合一般要求外，还要根据其特点设置水族箱等。
