双歧杆菌属：青春双歧杆菌，动物双歧杆菌（乳双歧杆菌），两歧双歧杆菌，短双歧杆菌，婴儿双歧杆菌，长双歧杆菌。乳杆菌属：嗜酸乳杆菌，干酪乳杆菌，卷曲乳杆菌，德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌），德氏乳杆菌乳亚种，发酵乳杆菌，格氏乳杆菌，瑞士乳杆菌，约氏乳杆菌，副干酪乳杆菌，植物乳杆菌，罗伊氏乳杆菌，鼠李糖乳杆菌，唾液乳杆菌。链球菌属：嗜热链球菌。
后续增补
关于批准翅果油等2种新资源食品的公告（2011年第1号）
乳酸乳球菌乳酸亚种，乳酸乳球菌乳脂亚种，乳酸乳球菌双乙酰亚种。
关于批准雨生红球藻等新资源食品的公告（2010年第17号）
费氏丙酸杆菌谢氏亚种
可关于将肠膜明串珠菌肠膜亚种列入《可用于食品的菌种名单》的公告（2012年第8号）
肠膜明串珠菌肠膜亚种
关于小牛葡萄球菌等3菌种的公告（2016年第4号）
小牛葡萄球菌，木糖葡萄球菌，肉葡萄球菌
关于发酵乳杆菌CECT5716等3个菌种的公告（2016年第6号）
凝结芽孢杆菌
婴幼儿食品的菌种名单
关于公布可用于婴幼儿食品的菌种名单的公告（2011年第25号）
嗜酸乳杆菌*，动物双歧杆菌，乳双歧杆菌，鼠李糖乳杆菌。
*仅限用于1岁以上幼儿食品
关于批准塔格糖等6种新食品原料的公告（2014年第10号）
罗伊氏乳杆菌
关于发酵乳杆菌CECT5716等3个菌种的公告（2016年第6号）
发酵乳杆菌，短双歧杆菌
可食用菌种
关于批准番茄籽油等9种新食品原料的公告（2014年第20号）
清酒乳杆菌、产丙酸丙酸杆菌
关于批准壳寡糖等6种新食品原料的公告（2014年第6号）
乳酸片球菌、戊糖片球菌
关于批准显齿蛇葡萄叶等3种新食品原料的公告（2013年第16号）
马克斯克鲁维酵母
