首先，噬菌体有可能克服细菌抗药性问题；其次，噬菌体可以用来调节人体肠道微生物组的组成和数量。人体内的噬菌体随年龄和健康状况而改变，为人体健康和肠道菌群靶向干预提供了生物标记(biomarker)。
噬菌体疗法已有一定的研究历史，其中，临床噬菌体应用研究自噬菌体发现就已经开始，如使用噬菌体治疗人杆菌痢疾。最近，噬菌体作为部分替代抗生素用于治疗耐药菌感染性疾病的疗法又得到了重视。首先，致病菌的广泛抗药性很普遍，并且抗药基因的水平转移加速了这种趋势，亟需一种新的抗菌疗法的出现；其次，过去10年抗生素的发展缓慢，而噬菌体因其具有易于生产、良好的宿主特异性、可基因操作等特点而成为一种潜在的优势疗法。
此外，利用噬菌体来解决细菌抗药性比抗生素简单有效，一种细菌可以分离出多种噬菌体；更重要的是，噬菌体可以通过同步变异来应对其宿主细菌的抗药性。基于噬菌体的特性，在噬菌体疗法广泛应用前需要解决一系列问题，如生物污染，应用安全等。
虽然肠道益生菌的工程化技术已有发展，但通过肠道病毒组的调节来调节肠道细菌组更具准确性和安全性。人暴露于人体内外环境中的数百万种噬菌体病毒中，而未发现噬菌体对人体的有害表现，因此，人体微生物组源的噬菌体具有用来制作噬菌体药物的潜力。随着肠道病毒组的工程化技术发展，制造出能够影响肠道细菌和人体代谢的病毒，尤其是噬菌体，可以作为患者特异性的靶向治疗方式，改善微生物群落结构。
小结：人体肠道病毒在长期的进化过程中与人体系统形成了一种博弈稳态。人体肠道病毒组能够通过直接或间接的方式对人体肠道微生物产生作用，从而对人体健康产生有利或有害的影响。目前，病毒组对人体健康的潜在影响有待进一步研究。随着研究的深入，病毒组数据库的建立有望促进一种进行病毒组研究的统一标准的形成。
大量健康数据的获得可为人体病毒组与人体疾病间相互关系的群体性分析提供基础，有望建立人体健康状况评价的统一标准，并开发相应的检测产品。未来，人体病毒组研究有望在人体疾病诊断、个体化医疗、噬菌体疗法及生物技术开发等方面获得重要应用。
