在搜寻中应使用不同的运算法则，例如：FASTA或BLASTP，以预测所有结构上的相似之处。对邻近的相同氨基酸片段进行逐步搜寻的策略，也可用于确定代表线性抗原表位的序列。邻近氨基酸的搜寻规模应以科学原理为依据，为了最终减少假阴性或假阳性结果①。应采用已经经过认证的搜寻和评估程序，以产生有生物学意义的结果。如果在一个含80个或更多的氨基酸片段中，新表达的蛋白质与已知的致敏原之间有相同氨基酸的比率高于35％(FAO／WHO 2001)，或符合其他科学上合理的标准，就有可能发生IgE交叉反应。应报告在比较新表达的蛋白质与已知致敏原在序列同源性中所获得的信息，以便进行科学的个案评估。序列同源性的搜寻有一定局限性。尤其是这种对比仅限于公共数据库和科学文献中已知的致敏原序列。这种比较对发现能与IgE抗体特异结合的非邻近抗原表位的能力有很大限制。序列同源性阴性，提示新表达的蛋白质不是已知的致敏原，而且与已知的致敏原也不太可能产生交叉反应。如果结果显示不存在明显的序列同源性，该结果就应随同其他评估新表达蛋白质致敏可能性的策略中列出的数据一起考虑。如适当，还应进一步研究(第4条款和第5条款)。序列同源性阳性则提示新表达的蛋白质有可能会引起过敏。如果要进一步考虑该产品，应使用经过鉴定的对该致敏原过敏者的血清进行评估。
进行序列同源性比较，是为了评估新表达蛋白质的结构与已知致敏原结构相似的程度。这一信息将提示该蛋白质是否具有潜在致敏性。应搜索比较所有新表达蛋白质的结构与所有已知致敏原结构的序列同源性。
