色谱仪故障产生的原因是多方面的，必须采用部分检查的方法，即排除法，才可能缩小故障的范围。气路系统故障的原因一般是漏气，气体质量不达标，气体稳压、稳流差等。
例如：基线若始终向下漂移，即“电平”值逐渐变小至负数，这极有可能是载气泄漏，那么就要查找各个接头部件是否泄漏；若不泄漏而基线仍漂移，则可能是电路系统的故障。色谱气路上的故障排除，需要分析工作者有一定的电子线路方面的知识，并且要弄清楚主机接线图和各系统的电原理图。
色谱电路系统的故障，一般是温度控制系统的故障和检测放大系统的故障，当然不排除供给各系统的电源故障。温控系统（包括柱温、检测器温控、进样器温控）的主回路由可控硅和加热丝所组成，可控硅导通角的变化，使加热功率变化，从而使温度变化（恒定或不恒定）。控制可控硅导通角变化的是辅回路（控温电路），包括铂电阻（热敏元件）和线性集成电路等等。
由上所述可知，若是温控系统的故障，则首先检查可控硅、加热丝、铂电阻是断路、短路或是接触不良。其次检查辅回路的其它电子部件。放大系统常见故障是离子讯号线受潮或断开、高阻开关（即灵敏度选择）受潮、集成运算放大器（如：AD515JH、OP07等）性能变差或坏等。
色谱故障的排除既要做到局部又要考虑到整体，例如，若出现基线不停的抖动或基线噪音很大时，可先将放大器的讯号输入线断开，观察基线情况，如果恢复正常，则说明故障不在放大器和处理机（或记录仪），而在气路部分或温度控制单元；反之，则说明故障发生在放大器、记录仪（或处理机）等单元上。
