当重要的组织培养物质污染时，研究者可能试图消除或控制污染。首先，确定污染物是细菌、真菌、支原体或酵母，把污染细胞与其它细胞系隔离开，用实验室消毒剂消毒培养器皿和超净台，检查HEPA过滤器。
下面是推荐的确定毒性水平和消除培养污染的实验步骤。
①在无抗生素的培养基中消化、计数和稀释细胞，稀释到常规细胞传代的浓度。
②分散细胞悬液到多孔培养板中，或几个小培养瓶中。在一个浓度梯度范围内，把选择抗生素加入到每一个孔中。例如，两性霉素B推荐下列浓度，0.25，0.50，1.0，2.0，4.0,8.0 mg/ml。
③每天观测细胞毒性指标，如脱落，出现空泡，汇合度下降和变圆。
④确定抗生素毒性水平后，使用低于毒性浓度2-3倍浓度的抗生素的培养液培养细胞2-3代。
⑤在无抗生素的培养基中培养细胞一代。
⑥重复步骤4。
⑦在无抗生素的培养基中培养4-6代，确定污染是否以已被消除。
