由于烟草秸秆的根部柔韧且含糖和胶质，秆部韧硬且含糖、蛋白和木质素，并含有烟碱，难于用于动物饲料和烧柴燃料。然而，与其他作物相比，在120天内烟秆积累了大量的氮磷钾、有机物和微量元素，形成了以聚合糖为代表的烟草纤维、烟草蛋白、烟碱、色素和少量特有的有机物，是一种与小麦、玉米、水稻、油菜等作物秸秆性质不同的材料。
在采烟结束后，清理烟田，将烟草秸秆集中堆积在烟田。通过一个月晾晒，秸秆水分将从85%降至55%左右。为了解决田间粉碎，先腐化后粉碎，即将烟草秸秆发酵菌（川菌1#和川菌）喷洒在烟草秸秆堆上。在秋末冬季，川菌1#和川菌2#具有低温腐化特点，经过两个月生物降解，烟草秸秆物理性质产生巨变，由硬变软，由韧变脆，干燥后用手可以粉碎。
在第二年春天，揭开秸秆堆上的塑料薄膜自然晾干，然后采用自制小型柴油/电动力机械粉碎烟草秸秆，其功率为2.2千瓦，粉碎能力可达100公斤/小时，粒度小于1.0毫米。经过烤房杀毒灭菌24小时后，用试纸检测烟草秸秆没有病毒、细菌和真菌类烟草病原体，然后将发酵菌（3株专用微生物）混入消毒灭菌后的原料，在田间自然条件下发酵10天。发酵后的烟草秸秆有机肥与复合肥一起施用，每亩施用125公斤，替代复合肥50%。
