因饮用水污染造成的疾病暴发流行病已屡见不鲜。自1958—1984全国发生水导致伤寒暴发流行病353起，发病率0.63—78.1%，累计发病45,535例，1990年广东省惠州市博罗石湾镇因饮用水水源受到污染致伤寒暴发流行，发病379例。发病率达1.03%，使镇医院住院部超负荷运转仍无法接纳所有重病患者。另1959—1983年全国共发生水致痢疾暴发流行157起，发病率3.41—55.6%,累计发病50,934例。自1963年以来几乎每年都有水致疾病暴发流行，仅1981—1983年就发生69起。1959-1984年水致传染性肝炎暴发流行141起，涉及北京、渐江、上海、山西、四川、内蒙古、湖南等地，发病率11.73-23.56%,累计发病5,948 例，仅1981年就发生水致流行41起。另外长期低水平的有机物污染可使正常数量极少的水生物大量繁殖而造成居民恐慌，惠阳市淡水镇饮用水源因有机物严重污染使水生物大量繁殖，导致居民拒用自来水改饮废弃多年的未经消毒处理的土井水。
有许多天然水，具备适宜于微生物生长的条件而含有大量的微生物，若在这种水净化处理时不将这些微生物除去，则会使人体健康受到影响，若直接饮用这种天然水，则会由于水中微生物滋长而造成种种疾病。因此要了解天然水中微生物的种类，滋长的条件和影响因素，发以便控制和预防。微生物大小为微米（um）量级。一般用肉眼直接看不见，必须用放大上百、上千甚至上万倍的光学显微镜或电子显微镜才能观察到，微生物虽然个体微小，但是具有一定的形态与结构，并能在适宜的环境中迅速地生长和繁殖。
影响天然水中微生物滋长的因素：
1.温度：以圩大多数微生物来说，最适宜的温度为20-30摄氏度。
2.光照强度：藻类繁殖必须有一定的日光照射。
3.PH值：各种微生物都有最适宜于生长的PH值。
4. 溶解气体：溶解氧对细菌的繁殖有很大的影响，有的需要足够的氧才能繁殖，而有的则需要缺氧条件才能繁殖。
5.营养物质：水中碳酸盐、硝酸盐、磷酸盐、铁、锰等无机物和其它有机物有助于某些微生物的繁殖。
当水体中的微生物有了相应的生存条件，就会在水中繁殖滋生，严重危害人类的健康。在饮用水或食品加工的用水中，存在已感染原病毒或细菌的人或动物的粪便和尿液，使疾病得以传播。以下就几种常见的水传染性疾病做简单的介绍：
一． 大肠埃希氏菌
大肠埃氏菌在淡水中广泛分布，有关水型暴发论述较少，因为过去认为它是正常菌丛。
1.、水型暴发病例 ：1998年辽宁一学校发生一起水型暴发，在26天中发病355例，患病率为26%，原因是污水排放口堵塞，污水倒灌，在水管接头中有漏口。
2. 、 生物学性状： 致病性大肠埃氏菌目前已以现5种，其生物学性状差别不大，均来源于粪便。目前日本流行的O-157即是近年发现的，属肠出血大肠埃氏菌，是出血性结肠类的病原菌。
二． 霍乱弧菌
霍乱是经水传播为主的疾病，流行季节性很明显，集中发生于夏秋，地区分布发沿海为主。
1.水在霍乱流行中起主导作用
1884年伦敦宽街的水型暴发；
1892年德国汉堡，由于带粪便污水直接倾倒河中，引起霍乱暴发，至少有198，191人发病，发病率34。3%；
1909年俄国彼得堡霍乱水型暴发，发病20，835例，死亡4，000余例，经调查是由于水网管道破裂被下水管道污水污染。
印尼在1937-1940年间的流行，在43%的水井及河流检出霍乱弧菌。
1960年泰国的流行也认为是由于水受霍乱弧菌污染所致。
我国1964年广东阳江县和1962年上海南汇县的霍乱流行都是由于不受霍乱弧菌污染所致。
2. 生物学特性
霍乱弧菌形状弯曲如香蕉的弧形，对营养要求不高，碱性更适合生长，在咸淡水交界处最易检出。霍乱弧菌在自来水中可4-28天，在河水中7-29天，在井水中1-92天。
三． 志贺氏菌属（痢疾杆菌）
目前志贺氏菌属（痢疾杆菌）感染在我国仍居腹泻病因的第一位或第二位，但在水传疾病中并非是最重要的病原体，因为霍乱弧菌在水中的生存期比痢疾杆菌长，但仍不能忽视此菌，这是因为：
在人群中感染者多，健康带菌者也多，这就增加了污染水的机会。
痢疾杆菌对人体的感染剂量很小，感染剂量少到10-100个菌，尽管在水中此菌量不会很多，但感染剂量小，人每天喝大量的水，就会构成威胁。
1. 水传流行
美国自1946-1980年细菌型疾病水型暴发共59次，病人13，261人，在所有水传疾病中名列第三。
国内：1990年鞍山市一个居民区暴发，发病率41。38%，暴发原因是供水管产生负压污水流入水管内。
1992年河南省信阳发生一起小型菌痢暴发，流行范围限于单独使用河水水源的铁路系统居民，其原因是污水排入河道，加上两岸菜地的生粪尿流入水中造成，痢疾杆菌水型暴发易发生在井水、小河水、塘水、沟水，在有自来水的地区发生流行原因多为氯消毒不合或管道渗漏，管内负压污水流入。
2.生物特性
痢疾杆菌在水中的生存情况受水源种类、PH值、水温、微生物数量和种类、渗透压等因素影响，在温度低时生存时间长，在经受长期冰冻后毒力并不丧失，在冰冻的河水中能活47天，但在0摄氏度以下细菌的菌落形态及生化反应变异增加了从水中分离的困难。人工将痢疾杆菌丰存于井内，可存活22天，在温度为20摄氏度的池塘水中可存活12天。
除上述之水传疾病，微生物中还有许多病毒会导致严重的疾病，最常见的水中病毒有脊髓灰质炎病毒（小儿麻痹病毒）、肝炎病毒等。因此对饮用水水源进行选择时，微生物污染已成为一个相当重要的指标。
