目前国内市场上的动物微生态制剂绝大部分还仅作饲料添加剂使用，作为兽药在宠物中的应用范围还很小。不仅微生态制剂的应用范围小，在质控和用药方面也存在种种问题，如活菌数不足、用药缺乏物种针对性、用药剂量的把握、长期用药的影响等。
兽药益生菌通常只有与宠物食品混合，被动物摄食后方能发挥功效。因此，在微生态制剂与宠物食品混合的加工生产中，应最大限度地保证活菌数。有研究对混有微生态制剂的宠物食品进行了评估，结果表明，细菌在生产和罐装过程中极易失活。若制剂采用的是喷涂工艺，活菌率可达60%。在1年的保质期内，约仅有25%的剩余活菌。有研究表明，兽用微生态制品中的嗜酸乳杆菌可良好耐受喷涂工艺，成功实现与宠物食品的混合而稳定保存。
1、兽用微生态制剂的有效性
兽用微生态制剂的最主要指标是有效性，这反映菌株在肠道中的定殖力。有人将含有鼠李糖乳杆菌的活菌制品与狗粮混合后饲喂，在犬的排泄物中鼠李糖乳杆菌的活菌数为5×1010 CFU/d；该菌在肠粘液中对肠上皮细胞有极强的粘附作用，可在犬肠道中定殖。
有效性还表现在停药后，细菌能否在动物体内继续稳定存活或繁殖。对兽药微生态制品的药效稳定性研究表明，喂食的细菌在短时间内能够在肠道中定殖。有研究表明，停药后鼠乳杆菌仅能在犬的肠道中存在72h，发酵乳杆菌和鼠乳杆菌停药后仅能在犬肠道中存在7d。这些数据说明，兽用微生态制剂若要得到良好应用，保持稳定给药是极为必要的。
通常来说，复合制剂比单菌制剂疗效更佳，因为复合制剂各菌株间存在增效作用，同时在肠道中的定殖作用更能增强肠道益生菌对致病菌的竞争能力，从而提高动物机体免疫力，起到有病治病、无病防病的效果。但也有一些肠道过路菌的单菌制剂效果也极为显着。如一些芽孢杆菌能产生广谱细菌素，具有抑菌谱广、抗逆性强等特点。
2、兽用微生态制剂的安全性
兽用微生态制剂的安全性非常重要。研究表明，市售微生态制剂对健康动物用药是安全的，但是缺乏对患病动物用药的安全性评价。关于兽用微生态制剂副作用的信息也很少。在一项研究中，研究人员试图探索乳酸菌和犬肠道致病菌之间的作用机制。在测定乳杆菌和肠球菌抑制一些病原菌对犬空肠上皮细胞的粘附效果时，发现两株粪肠球菌可增强空肠弯曲杆菌的粘附性。空肠弯曲杆菌属于动物源传染性致病菌，故可能由此产生种间传播。
兽用微生态制剂安全性的另一项重要指标即病原菌对益生菌产生的耐药性传递。对此问题应予以重视，不仅在于宠物本身可产生耐药性菌株，还由于这种耐药菌株在宿主体内可能将耐药性传导给一些非致病菌。FAO和WHO建议对所有兽用微生态制剂的耐药性传递模型进行评估，然而至今仍未见任何针对动物用微生态制剂耐药性传递研究的相关报道。
