我国食品安全法规中明确我国食品安全监管分为三个层面。第一个层面规定，国务院设立食品安全委员会，作为最高层次的议事协调机构，协调、指导全国的食品安全监管工作。第二个层面规定了国务院卫生行政部门的职责。第三个层面规定：国家质量监督、工商行政管理和国家食品药品监督管理部门分别对食品生产、食品流通、餐饮服务活动实施监督管理，即分段监管体制。在这三个层面进行全面的食品安全管理，能够有效控制食品安全问题的发生，降低食品生产和加工过程中出现问题的可能性，但是仍存在着一些需要解决的问题。
食品加工过程中致病菌安全控制的研究
食源性致病菌菌膜的形成及胁迫耐受机制
对食品加工过程中致病菌安全控制进行研究，首要研究对象是食源性致病菌菌膜，研究病菌菌膜的形成过程以及菌膜的胁迫耐受机制。在食品加工过程中，食品生产企业采用的食品外部杀菌技术手段易产生食源性致病菌菌膜，破坏致病菌的繁衍活动，致使食品形成菌膜来抵制环境的影响。
(1)菌膜的形成对食品加工安全的巨大威胁
食品的致病菌菌膜本身是一种微生物分泌的胞外基质，在食品表面形成细胞群体，其主要组成部分是蛋白质、糖分、核酸和磷脂等。然而在特殊情况下，食源性致病菌菌膜中会含有泥沙或血蛋白等其他物质。食源性致病菌菌膜是食物中腐败性微生物活动的场所，提高了食品变质的概率，易引发疾病，引发食品安全事故发生。
(2)菌膜内部细菌的高效抗逆机制
食源性致病菌菌膜阻挡抗生素进入食物中。实践证明，抗生素在致病菌菌膜中的扩散率较小，导致致病菌菌膜中缺少足够的营养，破坏菌膜内细菌生长环境，细菌由于缺少营养处于饥饿状态，抗生素对细菌的抵制作用也随之降低。
食品加工过程中致病菌亚致死损伤及胁迫耐受的分子机制
在食品加工过程中选用的杀菌方法直接影响食源性致病菌，甚至能直接杀菌。但是先进的杀菌工艺也不能彻底解决细菌对食品安全的影响。在食品加工过程中一般选用三种杀菌工艺，分别是无损伤致病菌、亚致死致病菌和失活致病菌。其中亚致死致病菌并不能完全消灭细菌，在杀菌过程中只是令细菌失活，但是在特殊的情况下，有些细菌依据可以繁殖，破坏食品安全。
(1)致病菌亚致死损伤、失活以及胁迫耐受规律
在食品加工整个工序中，食品中的食源性致病菌处在被环境胁迫状态。但是，随着对众多食品安全事件调查，致病菌是引起食品安全的主要原因。因此，人们加强对致病菌的环境胁迫问题、致病菌亚致死损伤、以及致病菌的胁迫耐受规律的研究。在食品加工过程中，各种肋破耐受因子按照一定的时空顺序排列会产生不同的影响，提高致病菌抵御肋破因子的能力，破坏食品安全，威胁人类身体健康。
(2)致病菌亚致死损伤、失活以及胁迫耐受过程中细胞膜形态
变化特征。与未受损细菌相比，亚致死细菌通常会发生一些特异性的改变，结构和功能成分受到影响，包括细胞膜、核糖体以及一些核糖体酶类等，其中，细胞膜是细菌亚致死损伤的关键部位之一，由细胞膜成分变化造成的细胞膜完整性的改变也被认为是亚致死细菌的最重要标志。
存在的科学问题及发展方向
食品加工环境中个胁迫因子对致病菌的时空协同效应
在食品加工流通过程中致病菌常常受到多种逆境的共同胁迫这些不利环境的种类和作用方式不同对致病菌亚致死和失活效应以及致病菌产生的胁迫耐受性也各不相同。有研究结果表明，食品中常见的有机酸等物质能增加致病菌的抵抗能力。所以，仅研究致病菌对某一种胁迫的抗性，已不能真实反映其在食品加工环境中所处状态，而需要采取有效的栅栏技术对它们的控制加以系统研究。
食品加工环境胁迫下致病菌菌膜形成，亚致死损伤修复以及肋、迫耐受的分子机制
在加工及流通过程中，致病菌可能有多种抵抗环境胁迫的分子机制，包括多种基因及蛋白酶的调控作用，各基因的表达相互作用，形成分子调控网络。对这些调控机制的深入了解有助于在食品加工过程中对食品安全性进行有效的风险评估，并进行有针对性的设计控制。随养科学技术的不断进行，我们也要从基因组技术方而来研究致病菌菌膜形成，亚致死损伤修复以及胁迫耐受的分子机制。期望能通过分子学手段来揭示致病菌在食品加工过程中代谢表达的分子调控网络系统。
食品安全风险评估需要准确的致病菌消长模型
目前已经有不少研究建立了食品加工过程中致病菌的消长模型并据此对食品安全进行风险评估包括真菌生长及霉菌毒素预测及其风险评估不同的复杂食品加工环境中食源性致病菌的生长规律和荟萃分析等技术手段在食品加工过程微生物风险评估和预测微生物学中的应用以及新的微生物预测模型的建立等。尽管如此食品种类生产及消费形式的多样性对构建统一的食源性劲菌风险评估模型仍具有巨大的挑战，因此建立更准确的致病菌消长模型系统识别致病菌的各种危害因子及其代谢规律。
由于食源性致病菌对食品安全产生的十分严重影响，使得在食品加工中致病菌控制措施引起了全社会的关注。目前，全世界都对食品中致病菌的有效控制采用了积极、有效的处理措施。但是针对我国的食品加工技术，仅仅依靠杀菌工艺是无法做到彻底杀灭食品中的致病菌。因此，在食品加工过程中，应该在特定的加工环境下，对亚致死致病菌的损伤修复和胁迫耐受分子机制、致病菌菌膜形成或毒素的分泌进行深入研究，找到解决方法，提高食品安全。
