菌种保存方法有多种，最理想的为真空冷冻干燥法，具有保存时间长、成活率高、变异小等优点，但操作技术难度大，花费高，需特殊设备，一般单位不易做到，而一些常规方法，常因传代次数多、易污染、易变异，给保存带来诸多不利。
多年来，微生物学工作者们一直在研究摸索简便而行之有效的菌种保存方法，查阅相关资料并吸取同行工作者们的实践经验，总结了几种方法简便、效果好的保存方法。
01
需要4℃冰箱保存
液体石蜡保存法
先将液体石蜡灭菌，然后放于37℃恒温箱中，使水汽蒸发掉备用。再将需要保存的菌种在最适宜的斜面培养基中培养，用无菌吸管吸取已灭菌的液体石蜡，注入已长好的斜面培养基上，用量以高出斜面顶端1cm为准。试管需直立，置4℃或室温下保存，一般无芽胞细菌可保存1年左右。
高层半固体琼脂石蜡保存法
将需保存的菌种经平板划线分离后，挑单个菌落用接种针反复穿刺接种到高层半固体琼脂培养基中，经37℃12小时培养后取出，用无菌操作将灭菌的液体石蜡滴加半固体琼脂菌种管表层约0.5cm高度，存放4℃冰箱，1年转种1次。
蒸馏水保存法
取灭菌蒸馏水6-7ml加于试管斜面上，用吸管研磨，洗下菌苔充分混匀，将此菌液分装于灭菌的螺旋小瓶中，或用胶塞密封，置4℃保存可存活数年。
02
需-20℃冰箱冷冻保存
甘油保存法
甘油一生理盐水保存液的制备：取甘油（分析纯）8份加入生理盐水2份，充分混合后，经121.3℃30分钟灭菌备用。
将纯化后的菌株根据菌种不同分别划线接种于其最适宜生长的培养基上培养后，用接种针取典型菌落接种肉汤管37℃培养6-8小时(链球菌和奈瑟氏菌接种血清肉汤管，5-10%CO2环境下8-10小时培养，真菌直接用接种环取菌洗入肉汤管，不培养)。此为培养液。
将此培养液与保存液以5：2的比例混合分装于灭菌的微量离心管，置-20℃冰箱保存(链球菌、奈瑟氏菌置-80℃冰箱保存)。使用时需37℃水浴中快速解冻。
用上述方法保存一般菌株可存活3年以上，链球菌、奈瑟菌可存活12-15个月，且性状未发生变异。此方法采用幼龄肉汤培养物效果好，且适用于链球菌、奈瑟氏菌、弧菌、真菌等需特殊方法保存的菌种。
低温保存法
菌种保存液的配制：K2HPO412.6g，柠檬酸钠0.98g，MgSO4·7H2O0.18g，KH2PO43.6g，甘油88g加蒸馏水至1000ml，103.4KPa灭菌30分钟，4℃保存备用。
将细菌接种于肉汤培养基中，37℃培养16-18小时，或斜面培养物刮取于生理盐水中，然后加入等体积的菌种保存液，冻存于-70℃或-20℃冰箱中。此方法也适合甲链、肺球、流感杆菌、百日咳杆菌、绿脓杆菌等耐受力低的细菌。-70℃保存10年以上，-20℃可保存2年以上。
