1．切片污染：包括染液的污染和组织污染
所谓染色的污染，是由于苏木精染液的氧化膜或伊红染液的絮状沉淀和其他试剂中的沉淀物所致。污染物遮盖该部位的细胞或组织而难以观察期形态改变。这种污染可通过定期的过滤各种染液和试剂而避免。而所谓的组织污染是由于切片和贴片过程中，被其他病例的组织和细胞污染。如果是不同类型的组织，容易在显微镜下发现；如果是相同类型而不同病变的组织污染，不容易在镜下发现，可导致误诊。因此在摊片时要非常小心，恒温贴片盆的水要常常更换或于每例贴片后用纸在水面及时把残余的蜡片拖走，以保证不污染。还有，取材时也可能造成组织污染，在甲例取材后，如不及时把取材台和刀剪冲洗干净，若留下残余组织，在乙例取材时把甲例的残余组织误作为乙例取材，同时放进脱水盒内，这样同一切片内，包括甲乙两例组织，这种组织污染也可产生严重后果。
2．细胞核染色苍白、暗淡，苏木素染色过浅
造成此类问题的原因可能有3个，切片在苏木精染色液停留时间过短，苏木素染色液过度氧化，失去染色能力，盐酸酒精的分化步骤处理时间过长。此类问题可以更换新的苏木素及调节染色和分化时间来解决。
3．染色不均匀不透亮呈雾化状态
即部分组织和细胞染色尚可，部分组织模糊不清楚，这种染色组织无法诊断。其原因是由于染色时二甲苯脱蜡不彻底，导致组织处理不当。常见于冬季室温低时，二甲苯的脱蜡能力降低，或使用多次脱蜡的二甲苯所致，克服办法是在冬季室温低时(14℃以下)，把二甲苯缸在水浴缸中适当加温到30℃再脱蜡，或更换新的二甲苯。
4．切片在脱蜡后出现大片白色的斑点
由于烤片温度太低，玻片在脱蜡前没有充分烤干净组织中的石蜡；切片在二甲苯停留时间不足，或二甲苯使用过久，造成脱蜡不尽。若烤片时间过短，则可能导致切片脱落的现象。出现白色斑点是由于切片在二甲苯停留时间不足或脱蜡用的二甲苯使用过久造成，此时切片可以退回到二甲苯停留时间相对长些，或更换新的二甲苯，然后进行重新染色程序的染色。
5．细胞核呈红、棕色改变
主要是由苏木素染色液的过度氧化和切片在苏木素染色后返蓝不足造成。该问题可更换新的苏木素和氨水返蓝液来解决。
6．细胞核呈灰黑色样改变俗称胞核碳化
可能的原因是由于脱水机处理组织的过程中温度过高、过热，或者在石蜡里停留的时间
过长；或固定的时间太短，接着就直接在高浓度的乙醇中行脱水处理，脱水过度造成。或者是切片染色完成后封片前放置在空气中时间过久，以至于二甲苯挥发后切片过度干燥所致。此类问题的解决办法是移去组织切片上的盖玻片和封固剂，重新逆序处理至水化。然后重新经染色程序染色后未等切片干燥就及时封片(又称湿封)；或者经重新切片后染色封片。
