1.传统形态学
从严格鉴定的角度上来说，其实传统形态学并不能算一项独立的鉴定方法，一般它是做为其它鉴定方法的基础过程而存在。但传统形态学是相关从业人员需要掌握的基础技能，故在此提及，相关方法指标不再赘述。
综合评定，推荐指数： 6
2.API试剂条鉴定
该鉴定属于生化方法的一种，被称为传统手工细菌鉴定的最佳方法，其有十多种试条，可鉴定的细菌多于550种，成本低廉，不需要专用仪器，判读结果简单快捷。
3.全自动细菌鉴定仪（VITEK 2）
同属于生化方法，被称为自动化程度最高的微生物生化鉴定系统，使用时根据需要鉴定微生物的种类的不同，设计了不同的鉴定卡片，比如革兰氏阴性菌卡，革兰氏阳性菌卡，酵母菌卡等。可鉴定405种细菌，70多种药物和约50多种药物组合的药敏卡。但该系统更倾向于对临床分离到的微生物有更好的识别，而相对在环境菌的识别上支持度没有那么大。
4.BIOLOG微生物自动分析系统
该系统主要根据细菌对糖、 醇、酸、酯、胺和大分子聚合物等95种碳源的利用情况进行鉴定，具有鉴定结果特异性强、分离度大、自动化程度高、鉴定快速等特点。
另外Biolog系统数据库容量相对大，可鉴定包括细菌、酵母和丝状真菌在内近2000种微生物。但同时使用该系统也要求操作人员需要一定的专业背景和相应的操作技术规范。
5.飞行质谱鉴定系统
该鉴定方法主要是用被测样品以一定比例与基质化合物溶液相混合，使所测分子以单分子状态分散在基质中。干燥后用脉冲激光照射基质，基质因吸收能量而激发，并使所测分子链被逐出并离子化。离子化后的分子在时间飞行质谱仪中被加速，并按质量数的大小进行被分离检测到。通过与数据库信息比对，筛选并确定相应图谱，进而得到鉴定结果。
质谱鉴定具有时间快重复性高操作步骤较少等特点，但该鉴定系统硬件设备非常昂贵。
6.基因测序鉴定
基因测序鉴定是通过对微生物保守序列进行测序，取得测序后与现有数据库中的已知微生物序列进行比对，从而达到鉴定目的。
基因型鉴定具有重复性、准确性高以及样品需求量少等优点，但同时其也有操作步骤较多，设备投入大等局限性。
7.核糖分型（RiboPrinter系统）
核糖分型是基于细菌菌株之间的DNA序列不同，利用分子杂交技术首先用限制性内切酶对细菌基因组DNA进行酶消化，通过特异性探针与目标DNA序列的杂交结合，经过转膜技术和显色技术形成该细菌特有的杂交图谱，最后得到类似指纹的结果。
目前数据显示，该系统数据库包含1700多个种，8528个标准菌株信息。
该方法为全自动系统，操作简单，结果重现性好，但同时该系统安装和运行成本比较高，鉴定需要高质量的DNA，分型能力一般。
综述：
本文仅是从一般共性的角度对各技术和设备做大概比较，实际每种鉴定方法或多或少有着其自身无法类比的优势，比如用基因测序的方法鉴定，得到菌种的序列即便无法与数据库比对，但可以自建数据库，并以此作为溯源的依据等。
由于每种技术的特异性，因而所需要的仪器设备和人员相关专业知识储备都不尽相同，并没有哪种方法和设备一定是“最好”的，各企业还是应该从自身的需求出发，选取最适宜的鉴定方法。
如上文所列的几个维度来看，生化梅里埃对人员技能和硬件投入相对较少，同时也一定程度上满足鉴定的需求，所以被很多实验室采用；
而如果企业对鉴定准确度有一定要求，对时间要求苛刻，同时对硬件设备价格不敏感的话，飞行质谱会是不错的选择；
BIOLOG及核糖分型也有其相应的优势，但目前在国内实验室普及率不高，仅有部分大型企业、院校、研究院所等使用；
基因测序具有数据库大，鉴定精度高，能取得直观的数字化结果以及自建数据库等多种优势，2015版药典在污染调查溯源分析上也写明“以基因型特征鉴定为主，表型特征鉴定为辅”。但基因测序鉴定同时也有操作复杂，专业面涉及范围广，硬件投入昂贵等局限性。
以上是从企业自身鉴定的角度阐述相关方法和设备的比较，实际上现在也有很多企业选择将鉴定业务打包给第三方实验室，即满足自身对鉴定精度高和时间快的要求，又不用承担昂贵的硬件和人员投入，这也是一个可供参考的新选择。
