臭鳜鱼发酵过程中微生物的菌群结构尚难以明确，这给腌制工艺的改进带来困难。近年来，变性梯度凝胶电泳（DGGE）因其重复性高而广泛应用于微生物群落结构和多样性的研究。来自温州市农业科学研究院的李燕、张井和中国计量大学生命科学学院的吴佳佳等人用PCR-DGGE技术分析传统臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构，为筛选适合臭鳜鱼工业化生产的发酵菌株，有效控制臭鳜鱼生产中存在的腐败菌、致病菌，提高臭鳜鱼的品质和安全性提供理论基础。
1基因组DNA提取及16S rDNA V6～V8可变区的扩增
分别提取不同发酵时期臭鳜鱼样品中的总基因作为模版，用V6～V8可变区引物进行PCR扩增，扩增产物经1.5 g/100 mL琼脂糖凝胶电泳检测，均得到大小为450 bp左右的扩增基因片段，且条带较亮。
2臭鳜鱼发酵过程中细菌群落的DGGE分析
从DGGE图谱和16S rDNA测序结果可看出，在新鲜鳜鱼和发酵2 d的鳜鱼中，微生物的种类比较丰富，优势菌不是特别显着。在发酵4 d的臭鳜鱼中，肠球菌、腐败希瓦氏菌和溶酪大球菌占到了绝对优势；随着发酵时间的继续延长，在臭鳜鱼发酵后期，肠球菌、溶酪大球菌和乙酰微小杆菌成为优势菌，腐败希瓦氏菌的数量下降。
316SrDNA文库构建及同源性分析
结果显示：分离菌株均能够与相应的参考菌株聚为一类。溶酪大球菌、热杀索氏菌、肠球菌属、乙酰微小杆菌、肉食杆菌的进化关系比较近，腐败西瓦氏菌、维氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、波罗的海西瓦氏菌、依氏假交替单胞菌进化关系比较近，聚为一支。
4臭鳜鱼样品中主要优势菌的相似性分析
在臭鳜鱼的发酵过程中，肠球菌、腐败西瓦氏菌、溶酪大球菌和乙酰微小杆菌在整个发酵过程，特别是发酵后期占较大比例，为黄山臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。
采用Canoco for Windows 4.5对臭鳜鱼发酵过程微生物菌群的关系进行PCA。结果显示：热杀索氏菌和肉食杆菌属与鲜鳜鱼具有较高的相关性；杀鲑气单胞菌、维氏气单胞菌、波罗的海西瓦氏菌和不可培养气单胞菌与发酵2 d的臭鳜鱼相关性较大；依氏假交替单胞菌和腐败西瓦氏菌与发酵4 d的臭鳜鱼相关性较大；乙酰微小杆菌、肠球菌属和溶酪大球菌与发酵6、8 d的臭鳜鱼相关性比较大。臭鳜鱼发酵4、6、8 d的菌群结构比较相似，表明发酵后期微生物菌落结构趋于稳定。
结 论
在臭鳜鱼的发酵过程中，肠球菌、腐败西瓦氏菌、溶酪大球菌和乙酰微小杆菌在整个发酵过程，特别是发酵后期占较大比例，为黄山臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。
不同发酵时期臭鳜鱼细菌的群落结构有一定的相似性，鲜鱼和发酵2 d的臭鳜鱼的菌群结构组成比较接近，聚作一类，相似度为88 %；发酵4 d以后的臭鳜鱼菌群结构聚类一类，发酵6 d和发酵8 d的臭鳜鱼样品相似度达到94 %，说明臭鳜鱼发酵后期微生物菌落结构趋于稳定。
臭鳜鱼发酵过程中存在一定数量的发酵菌株，但同时还存在数量较多的腐败菌和致病菌或条件致病菌，这些细菌的存在使臭鳜鱼存在一定的安全隐患。
